南京CAR-T載體拷貝數(shù)技術(shù)

在細(xì)菌細(xì)胞中，某種特定基因的數(shù)目。一般檢測(cè)方法有若是測(cè)序結(jié)果，可選用censor軟件檢測(cè)相關(guān)拷貝數(shù)。Southernblot是一種常用的DNA定量的分子生物學(xué)方法。其原理是將待測(cè)的DNA樣品固定在固相載體（硝酸纖維膜或尼龍膜）上，與標(biāo)記的核酸探針進(jìn)行雜交，在與探針有同源序列的固相DNA的位置上顯示出雜交信號(hào)，通過檢測(cè)信號(hào)的有無、強(qiáng)弱可以對(duì)樣品定性、定量，從而計(jì)算出轉(zhuǎn)入的拷貝數(shù)。Southern法準(zhǔn)確性高、特異性強(qiáng)，但存在費(fèi)時(shí)費(fèi)力的缺點(diǎn)。另外，由于 Southern 法檢測(cè)不經(jīng)過靶片段的擴(kuò)增（ PCR ），一般每個(gè)電泳通道需要 10-30 μ g 的 DNA ，在實(shí)際操作中就需要較大量的植物材料來提取 DNA ，而轉(zhuǎn)基因植物的愈傷組織在無菌條件下經(jīng)過篩選、重新分化后一般都比較細(xì)弱，不宜大量取樣。如果外源基因在插入時(shí)發(fā)生基因重組，造成限制性酶切位點(diǎn)丟失， Southern 法也無法檢測(cè)到。這些因素都制約了 Southern 法在 T 0 代轉(zhuǎn)基因植物中檢測(cè)外源基因拷貝數(shù)的應(yīng)用。唯可生物開發(fā)并驗(yàn)證了一種基于探針的定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)分析方法，用于慢病毒載體拷貝數(shù)(VCN)定量。南京CAR-T載體拷貝數(shù)技術(shù)

qPCR及dPCR定量檢測(cè)比較分析,對(duì)于所有分析的患者樣本，qPCR和dPCR提供了高度相似、重疊的CAR拷貝數(shù)結(jié)果。每個(gè)患者使用qPCR和dPCR獲得的數(shù)據(jù)，對(duì)于CAR-T細(xì)胞擴(kuò)增水平較低的患者樣本(即UPN#008，#012和#018;比較大CAR-T細(xì)胞水平<5000拷貝的PBMCgDNA)，仍存在明顯的統(tǒng)計(jì)學(xué)相關(guān)性(R2>0.78;P<0.05)，證實(shí)了即使在低CAR-T細(xì)胞水平下qPCR和dPCR的可比性。將dPCR與qPCR結(jié)果(qPCR設(shè)置為100%)進(jìn)行個(gè)體拷貝數(shù)比較時(shí)，dPCR的平均定量結(jié)果為70+34%，即平均相對(duì)差為-30%。實(shí)際上，對(duì)于幾乎所有測(cè)量樣本，使用dPCR測(cè)定的拷貝數(shù)都較低。這一觀察結(jié)果與dPCR(axis-cel或tisa-cel)檢測(cè)方法無關(guān)。寧波CAR-T載體拷貝數(shù)方法慢病毒前病毒拷貝數(shù)會(huì)影響轉(zhuǎn)導(dǎo)細(xì)胞中轉(zhuǎn)基因的表達(dá)水平。

嵌合抗原受體（Chimericantigenreceptor，CAR）-T細(xì)胞（CAR-T）是指通過基因修飾技術(shù)，使用病毒等載體將帶有特異性抗原識(shí)別結(jié)構(gòu)域、鉸鏈區(qū)、跨膜區(qū)、共刺激信號(hào)jihuo區(qū)等遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)入自體或異體T細(xì)胞形成的。CAR-T回輸?shù)交颊唧w內(nèi)后，可與腫瘤細(xì)胞表面特異性抗原相結(jié)合而jihuo，通過釋放穿孔素、顆粒酶等直接殺傷腫瘤細(xì)胞達(dá)到zhiliaoliu的目的。CAR-T對(duì)多種血液liu顯示了較好的臨床效果，對(duì)實(shí)體瘤zhiliao也表現(xiàn)出了較大的zhiliao潛力。目前已有多個(gè)產(chǎn)品經(jīng)美國、歐盟、中國批準(zhǔn)上市，適應(yīng)癥涉及急性B淋巴細(xì)胞白血病、B淋巴細(xì)胞瘤、多發(fā)性骨髓瘤。

CAR-T細(xì)胞輸注后患者反應(yīng)及毒性分析：本次收集攻擊113例患者，采用qPCR和dPCR檢測(cè)20例使用axis-cel和tissa-cel處理的gDNA樣本的拷貝數(shù)。在接受tissa-celzhiliao的患者中，9例患者接受了DLBCLzhiliao，1例患者接受了ALLzhiliao。大多數(shù)患者為男性，zhiliao患者的中位年齡為56.5歲(范圍10-71歲)，患者之前接受了2-7個(gè)zhiliao線。由于血液病或進(jìn)展性疾病(PD)的高負(fù)擔(dān)，大多數(shù)患者接受了淋巴清理和CAR-T細(xì)胞之間的橋接zhiliao。其中4例患者完全緩解(CR,n=2)或部分緩解(PR,n=2)，5例患者病情穩(wěn)定(SD)，8例患者雖經(jīng)zhiliao仍有PD。載體拷貝數(shù)安評(píng)，可咨詢上海唯可生物。

對(duì)于CAR修飾的免疫細(xì)胞，應(yīng)采用多種體外方法評(píng)估其胞外抗原識(shí)別區(qū)的脫靶風(fēng)險(xiǎn)。TCR修飾免疫細(xì)胞的脫靶毒性可通過評(píng)估TCR與人體自身抗原肽的交叉識(shí)別能力來評(píng)估。首先，應(yīng)采用體外試驗(yàn)測(cè)定TCR修飾的免疫細(xì)胞與人自身抗原肽-HLA（與遞呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）復(fù)合物的親和力，并說明抗原肽的選擇依據(jù)及選擇范圍。此外，還應(yīng)研究其他相關(guān)或不相關(guān)的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR與人自身抗原肽有交叉反應(yīng)可能，應(yīng)確定靶抗原肽的較小識(shí)別基序（motif），并采用計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)分析評(píng)估交叉反應(yīng)性。如果計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)可識(shí)別出具有潛在交叉反應(yīng)性的抗原肽，應(yīng)在體外測(cè)定TCR修飾免疫細(xì)胞對(duì)表達(dá)相應(yīng)蛋白或遞呈相應(yīng)抗原肽的的細(xì)胞的識(shí)別能力。如果不能排除交叉反應(yīng)性，應(yīng)基于含有潛在交叉反應(yīng)性抗原肽的蛋白的表達(dá)模式以及TCR與潛在交叉反應(yīng)性抗原肽的親和力來進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。為獲得TCR與其他等位HLA潛在交叉反應(yīng)性的信息，應(yīng)進(jìn)行充分的HLA交叉反應(yīng)性篩選。載體拷貝數(shù)就是某種質(zhì)粒在單個(gè)細(xì)菌中的數(shù)量。南京細(xì)胞療法載體拷貝數(shù)分析

怎樣增加低拷貝質(zhì)粒的提取效率？南京CAR-T載體拷貝數(shù)技術(shù)

質(zhì)粒的不相容性通俗來說，就是一山不能容二虎。但是作為科學(xué)來說，我們需要一個(gè)嚴(yán)謹(jǐn)?shù)亩x?！袄猛粡?fù)制系統(tǒng)的兩個(gè)質(zhì)粒會(huì)在復(fù)制和隨后向自細(xì)胞的分配過程中彼此競(jìng)爭(zhēng)，這樣的質(zhì)粒在細(xì)菌培養(yǎng)物中不能和平共處，這種現(xiàn)象稱之為不相容性”。那要怎么才能在一個(gè)菌里面使用兩個(gè)質(zhì)粒呢？簡(jiǎn)單的方法就是使用不同復(fù)制源的且?guī)в胁煌剐曰虻膬蓚€(gè)質(zhì)粒。pUCori：復(fù)制起始點(diǎn)，pUC為高拷貝表達(dá)質(zhì)粒（120-200個(gè)/細(xì)胞）。Amp：氨芐抗性，為原核抗性，用于質(zhì)粒抽提時(shí)的篩選。U6promoter：U6啟動(dòng)子，真核啟動(dòng)子，啟動(dòng)shRNA的表達(dá)。CMV：真核啟動(dòng)子，啟動(dòng)ZsGreen1的表達(dá)。ZsGreen1：第三代綠色熒光蛋白，亮度比較高的的熒光蛋白。PGK：真核啟動(dòng)子，啟動(dòng)Puro的表達(dá)。Puro：嘌呤霉素抗性基因，真核抗性，用于質(zhì)?；虿《具M(jìn)入細(xì)胞后的篩選。Amp：氨芐抗性基因，原核抗性，用于質(zhì)粒抽提時(shí)的篩選。WPRE：轉(zhuǎn)錄后調(diào)控序列，增加外源片段的表達(dá)效率。3’LTR、5LTR：逆轉(zhuǎn)錄病毒基因組兩端各有一個(gè)長(zhǎng)末端重復(fù)序列(5—LTR和3—LTR)，不編碼蛋白質(zhì)，含有啟動(dòng)子，增強(qiáng)子等調(diào)控元件。南京CAR-T載體拷貝數(shù)技術(shù)