河南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組應(yīng)用

普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類：一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個(gè)重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí)，通過(guò)對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制，盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無(wú)關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過(guò)構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)（一是小RNA測(cè)序文庫(kù)、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù)）是可以測(cè)到以上4種RNA的。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和。河南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組應(yīng)用

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)：相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測(cè)序方法，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來(lái)測(cè)量基因的表達(dá)水平情況，還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型，并為選擇性拼接亞型提供定量分析。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門(mén)在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來(lái)研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等。河南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序樣品純度要求，電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。

轉(zhuǎn)錄組學(xué) (transcriptomics)是功能基因組學(xué) ( Functional Genomics)研究的重要組成部分，是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著越來(lái)越多的基因組序列相繼被測(cè)定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉?duì)象的基因組學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過(guò)程為研究對(duì)象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1、轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制。2、通過(guò)基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。優(yōu)勢(shì)：高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)；在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向：植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；表達(dá)差異的研究；基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于疾病標(biāo)志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復(fù)發(fā)診斷。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來(lái)說(shuō)在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系。RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？河南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組應(yīng)用

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)。河南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組應(yīng)用

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和。轉(zhuǎn)錄組是干什么用的，和表達(dá)譜有什么區(qū)別？轉(zhuǎn)錄組，指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué)，是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。河南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組應(yīng)用