《數(shù)字化轉(zhuǎn)型和跨學(xué)科實(shí)踐暑期研討會》詳解
數(shù)字化轉(zhuǎn)型和跨學(xué)科實(shí)踐暑期研討會
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不同二代測序技術(shù)平臺的速度
Illumina 測序平臺:這是目前市場上應(yīng)用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長,能夠滿足大規(guī)?;蚪M學(xué)研究和臨床檢測的需求。
Roche 454 測序平臺:Roche 454 測序系統(tǒng)的測序速度也較快,其特點(diǎn)是測序片段比較長,高質(zhì)量的讀長能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時左右完成對一定數(shù)量樣本的測序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測序提供了有力支持 NGS測序是二代測序嗎?安徽二代測序提供
二代測序——基因組測序該測幾個G?②
人類全外顯子組測序
人類全外顯子組*占基因組的1%-2%,大小約為30M-60M左右,但通常需要較高的測序深度來確保外顯子區(qū)域的變異檢測準(zhǔn)確性,一般測序深度在100X-200X之間,數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,能夠高效地檢測出與疾病相關(guān)的基因突變,常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。
動植物基因組測序
常見動植物:對于一些常見的動植物物種,如水稻、小鼠等,其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測序時,測序深度一般在10X-30X左右,數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進(jìn)行重測序或特定性狀相關(guān)的研究,測序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。
復(fù)雜基因組的動植物:部分動植物的基因組較大且復(fù)雜,例如某些魚類、植物的多倍體物種等,其基因組大小可能達(dá)到數(shù)G甚至數(shù)十G。對于這類物種的全基因組測序,測序深度可能在5X-10X左右,數(shù)據(jù)量也會因基因組大小而異,從幾十G到數(shù)百G不等。 西藏嘉安健達(dá)二代測序價格高通量測序是二代測序嗎?
二代測序——實(shí)驗(yàn)流程類問題
二代測序的實(shí)驗(yàn)流程包括哪些步驟:首先是樣本準(zhǔn)備,提取高質(zhì)量的DNA或RNA,并進(jìn)行片段化處理;然后進(jìn)行文庫構(gòu)建,在片段兩端連接特定接頭;接著進(jìn)行文庫質(zhì)量檢測和定量,合格的文庫上機(jī)測序;***對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括數(shù)據(jù)過濾、比對、變異檢測等。文庫構(gòu)建的關(guān)鍵步驟和注意事項(xiàng)有哪些:關(guān)鍵步驟包括DNA片段化的程度控制、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等。需要注意避免樣本的污染,確保片段化的均勻性,優(yōu)化接頭連接反應(yīng)條件,以及準(zhǔn)確地進(jìn)行文庫定量,以保證文庫的質(zhì)量和測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。
關(guān)于二代測序的簡介:
二代測序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測序技術(shù),是一種能夠同時對數(shù)百萬甚至數(shù)十億個 DNA片段進(jìn)行測序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測序相比二代測序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢。
二代測序技術(shù)在大幅提高了測序速度的同時,大幅度的降低了測序成本,保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術(shù)則需要1周,但其序列讀長方面比起一代測序技術(shù)則要短很多,大多只100bp-150bp。
二代測序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。
二代測序的建庫步驟⑥
六、文庫質(zhì)量檢測
定量檢測:使用熒光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)來確定文庫的濃度。Qubit是一種基于熒光染料與核酸特異性結(jié)合的定量方法,它可以準(zhǔn)確地測量DNA或RNA的濃度,并且對不同大小的核酸片段有較好的定量準(zhǔn)確性。通過定量檢測,可以了解文庫的產(chǎn)量,為后續(xù)的測序上樣量提供參考。
片段大小檢測:利用瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀(如Agilent2100Bioanalyzer)來檢測文庫片段大小。瓊脂糖凝膠電泳是一種傳統(tǒng)的方法,通過將文庫樣品在瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳,根據(jù)DNA片段在電場中的遷移速度來判斷片段大小。生物分析儀則可以提供更精確的片段大小分布和濃度信息,它是基于微流體芯片技術(shù),能夠快速、準(zhǔn)確地分析文庫質(zhì)量。 二代測序?qū)嶒?yàn)與測序原理是什么?廣東二代測序運(yùn)用
單細(xì)胞測序?qū)儆诙鷾y序嗎?安徽二代測序提供
④二代測序一般多久出結(jié)果?
4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度
數(shù)據(jù)分析是二代測序的重要環(huán)節(jié)。簡單的分析,如檢測已知的單核苷酸多態(tài)性(SNP),可以通過與參考基因組比對后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析,如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測或者進(jìn)行從頭組裝(denovoassembly),則需要更復(fù)雜的算法和更多的計(jì)算資源,花費(fèi)的時間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如,對于常規(guī)的SNP檢測和注釋,數(shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成;而對于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析,可能需要3-7天甚至更長時間來確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。 安徽二代測序提供
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