二代測(cè)序的建庫步驟①樣本準(zhǔn)備樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細(xì)胞等。例如，在**研究中，可能會(huì)采集**組織和對(duì)應(yīng)的正常組織。對(duì)于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理，以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織，可將其置于液氮中速凍，然后保存在-80℃冰箱中。核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對(duì)于DNA提取，常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性，離心后使DNA處于水相，從而實(shí)現(xiàn)分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理，DNA在特...

常見的二代測(cè)序類型① 全基因組測(cè)序（WGS）：對(duì)生物體整個(gè)基因組進(jìn)行測(cè)序，涵蓋所有基因、非編碼區(qū)域、調(diào)控區(qū)域等。能***檢測(cè)基因組變異，但數(shù)據(jù)量和成本較高，適用于復(fù)雜疾病研究、物種進(jìn)化分析等. 全外顯子組測(cè)序（WES）：針對(duì)基因組中全部外顯子區(qū)域測(cè)序，可快速鑒定基因突變，性價(jià)比高，常用于遺傳病診斷、**基因突變檢測(cè)等，助力發(fā)現(xiàn)致病基因和潛在***靶點(diǎn). 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）：對(duì)特定細(xì)胞或組織在特定狀態(tài)下的 RNA 轉(zhuǎn)錄情況測(cè)序，包括 mRNA、lncRNA、miRNA 等，可檢測(cè)基因表達(dá)水平、剪接變異、可變剪接等信息，用于基因表達(dá)調(diào)控研究、疾病標(biāo)志物篩選、藥物研發(fā)...

二代測(cè)序的建庫步驟②二、片段化處理物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動(dòng)將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構(gòu)建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調(diào)整超聲功率和時(shí)間，可以將DNA片段化到幾百堿基對(duì)（bp）的長(zhǎng)度范圍，一般在150-300bp左右，這符合二代測(cè)序的讀長(zhǎng)要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻，但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù)，否則可能會(huì)導(dǎo)致過度破碎或片段大小不一致。酶切方法：利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識(shí)別特定的DNA序列，并在這些序列處切割DNA。例如，用EcoRⅠ酶可以識(shí)別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合...

常見的二代測(cè)序類型① 全基因組測(cè)序（WGS）：對(duì)生物體整個(gè)基因組進(jìn)行測(cè)序，涵蓋所有基因、非編碼區(qū)域、調(diào)控區(qū)域等。能***檢測(cè)基因組變異，但數(shù)據(jù)量和成本較高，適用于復(fù)雜疾病研究、物種進(jìn)化分析等. 全外顯子組測(cè)序（WES）：針對(duì)基因組中全部外顯子區(qū)域測(cè)序，可快速鑒定基因突變，性價(jià)比高，常用于遺傳病診斷、**基因突變檢測(cè)等，助力發(fā)現(xiàn)致病基因和潛在***靶點(diǎn). 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）：對(duì)特定細(xì)胞或組織在特定狀態(tài)下的 RNA 轉(zhuǎn)錄情況測(cè)序，包括 mRNA、lncRNA、miRNA 等，可檢測(cè)基因表達(dá)水平、剪接變異、可變剪接等信息，用于基因表達(dá)調(diào)控研究、疾病標(biāo)志物篩選、藥物研發(fā)...

微生物基因組——數(shù)據(jù)組裝后的分析步驟 基因預(yù)測(cè)：利用軟件如Prokka等進(jìn)行基因預(yù)測(cè)。這些軟件會(huì)根據(jù)微生物基因組的序列特征，識(shí)別出可能的基因區(qū)域。例如，通過尋找開放閱讀框（ORF）來確定基因的位置和范圍。對(duì)于細(xì)菌基因組，由于其基因結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單，基因預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性相對(duì)較高。在預(yù)測(cè)過程中，軟件會(huì)考慮密碼子偏好性等因素，這是不同微生物在長(zhǎng)期進(jìn)化過程中形成的對(duì)特定密碼子使用頻率的差異。 基因功能注釋：將預(yù)測(cè)出的基因與公共數(shù)據(jù)庫（如KEGG、Swiss-Prot等）進(jìn)行比對(duì)，以確定基因的功能。例如，通過比對(duì)KEGG數(shù)據(jù)庫，可以了解基因在代謝通路中的作用。如果一個(gè)基因與數(shù)據(jù)庫中某個(gè)已知的參與...

常見的二代測(cè)序類型② 靶向測(cè)序：聚焦于特定的基因或基因區(qū)域進(jìn)行重點(diǎn)測(cè)序，如對(duì)已知與某種疾病相關(guān)的基因**測(cè)序，具有成本低、效率高、數(shù)據(jù)解析簡(jiǎn)單等優(yōu)點(diǎn)，廣泛應(yīng)用于疾病診斷、藥物靶點(diǎn)篩選和臨床個(gè)體化***等. 微生物基因組測(cè)序：用于檢測(cè)和分析環(huán)境、人體或其他樣本中的微生物群落的基因組組成，可了解微生物多樣性、功能及與宿主相互作用，在微生物生態(tài)學(xué)、傳染病診斷、環(huán)境科學(xué)等領(lǐng)域有重要應(yīng)用. 甲基化測(cè)序：主要研究DNA甲基化修飾情況，對(duì)基因表達(dá)調(diào)控等有重要意義，通過檢測(cè)甲基化水平變化，可探究疾病發(fā)***展機(jī)制、尋找生物標(biāo)志物及藥物靶點(diǎn)等. 二代測(cè)序常用于醫(yī)學(xué)篩查或診斷。上海二代測(cè)序技...

二代測(cè)序技術(shù)（NGS） 原理：通過構(gòu)建DNA文庫，在測(cè)序平臺(tái)上對(duì)文庫中的大量DNA片段進(jìn)行大規(guī)模并行測(cè)序，能夠同時(shí)獲得數(shù)以百萬計(jì)的DNA序列信息。 準(zhǔn)確性方面： 全基因組檢測(cè)準(zhǔn)確性高：在全基因組測(cè)序或者外顯子組測(cè)序中，能夠***地檢測(cè)基因序列的變化，包括單核苷酸變異（SNV）、插入/缺失（Indel）、拷貝數(shù)變異（CNV）等多種突變類型。其檢測(cè)SNV的準(zhǔn)確性可以達(dá)到99%以上，對(duì)于Indel和CNV的檢測(cè)準(zhǔn)確性也能達(dá)到90%-95%左右。 數(shù)據(jù)分析復(fù)雜影響準(zhǔn)確性理解：由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量巨大，數(shù)據(jù)分析過程復(fù)雜。如果數(shù)據(jù)分析流程不完善或者對(duì)數(shù)據(jù)解讀有誤，可能會(huì)導(dǎo)致結(jié)...

WES測(cè)序 局限性 檢測(cè)范圍有限：無法檢測(cè)外顯子間區(qū)域和非編碼序列區(qū)域的變異，也不能覆蓋整個(gè)基因. 對(duì)某些變異不敏感：在檢測(cè)重復(fù)序列擴(kuò)增、G-富集區(qū)域和GC含量高的區(qū)域等變異時(shí)，效果可能不佳. 應(yīng)用 遺傳病診斷與研究：可診斷病因不明的遺傳病，明確致病突變，還能用于產(chǎn)前診斷，輔助家庭生育決策. **研究：助力**基因突變檢測(cè)，為**的早期診斷、***方案制定及預(yù)后評(píng)估提供依據(jù). 藥物基因組學(xué)：檢測(cè)結(jié)果可指導(dǎo)醫(yī)生選擇靶向藥物或進(jìn)行基因***，實(shí)現(xiàn)精細(xì)醫(yī)療. 二代測(cè)序的流程有哪些？天津二代測(cè)序流程 二代測(cè)序——比較基因組分析（針對(duì)多個(gè)微生物基因組）： ...

二代測(cè)序在代謝組研究中的應(yīng)用途徑② 調(diào)控元件測(cè)序輔助代謝組分析 原理：除了對(duì)編碼基因的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序外，二代測(cè)序還可用于分析非編碼RNA（如miRNA、lncRNA等）以及基因的調(diào)控元件（如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子等）。miRNA可以通過與靶mRNA結(jié)合抑制其翻譯或促使其降解，間接調(diào)控代謝相關(guān)基因的表達(dá)，從而影響代謝組的構(gòu)成。啟動(dòng)子等調(diào)控元件的甲基化狀態(tài)等表觀遺傳變化也會(huì)改變基因的轉(zhuǎn)錄活性，**終對(duì)代謝過程產(chǎn)生作用。 案例：在**代謝研究中，通過對(duì)**組織和正常組織的miRNA測(cè)序，發(fā)現(xiàn)特定miRNA在**組織中表達(dá)異常。進(jìn)一步研究表明該miRNA可靶向調(diào)控參與葡萄糖代謝的關(guān)鍵酶基因，...

WES測(cè)序 局限性 檢測(cè)范圍有限：無法檢測(cè)外顯子間區(qū)域和非編碼序列區(qū)域的變異，也不能覆蓋整個(gè)基因. 對(duì)某些變異不敏感：在檢測(cè)重復(fù)序列擴(kuò)增、G-富集區(qū)域和GC含量高的區(qū)域等變異時(shí)，效果可能不佳. 應(yīng)用 遺傳病診斷與研究：可診斷病因不明的遺傳病，明確致病突變，還能用于產(chǎn)前診斷，輔助家庭生育決策. **研究：助力**基因突變檢測(cè)，為**的早期診斷、***方案制定及預(yù)后評(píng)估提供依據(jù). 藥物基因組學(xué)：檢測(cè)結(jié)果可指導(dǎo)醫(yī)生選擇靶向藥物或進(jìn)行基因***，實(shí)現(xiàn)精細(xì)醫(yī)療. denovo測(cè)序是二代測(cè)序嗎？寧夏嘉安健達(dá)二代測(cè)序檢測(cè) WES測(cè)序應(yīng)用領(lǐng)域 遺傳性疾病的...

二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的優(yōu)勢(shì)針對(duì)性強(qiáng)：它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域，這部分區(qū)域雖然只占整個(gè)基因組的1-2%左右，但包含了大部分與疾病相關(guān)的突變。例如，在研究孟德爾遺傳病時(shí)，很多致病突變都位于外顯子區(qū)域，通過全外顯子測(cè)序可以更高效地找到這些突變。成本效益高：相比于全基因組測(cè)序，全外顯子測(cè)序的成本相對(duì)較低。因?yàn)樗恍枰獙?duì)整個(gè)基因組（包括大量的非編碼區(qū)域）進(jìn)行測(cè)序，在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測(cè)序成本，同時(shí)又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。二代測(cè)序可以檢測(cè)基因嗎？上海二代測(cè)序檢測(cè) 二代測(cè)序——比較基因組分析（針對(duì)多個(gè)微生物基因組）： 共線性分析：比較不同微生物基因組之間基因的排列...

二代測(cè)序的建庫步驟、末端修復(fù)和加A尾（以DNA文庫為例）末端修復(fù)：經(jīng)過片段化后的DNA末端可能是不平齊的，有5'-突出端或3'-突出端。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶，將這些末端補(bǔ)平，使其成為平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性，在合適的反應(yīng)緩沖液和dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）存在下，可以將突出的末端補(bǔ)平。加A尾：在末端修復(fù)后的平末端DNA分子的3'-末端加上一個(gè)A堿基。這一步是為了后續(xù)連接帶有T-突出端的接頭做準(zhǔn)備，一般使用Klenow片段（3'→5'外切酶活性缺失）在dATP存在下進(jìn)行加A反應(yīng)，這樣可以使DNA片段能夠高效地與...

WES測(cè)序 WES測(cè)序即全外顯子組測(cè)序，是基于二代測(cè)序技術(shù)的新型基因檢測(cè)方法，以下是具體介紹： 原理 人類基因組中*1%-5%的外顯子區(qū)域編碼蛋白質(zhì)，卻包含約85%的致病變異。WES測(cè)序通過序列捕獲技術(shù)富集外顯子區(qū)域DNA，再利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)其進(jìn)行測(cè)序，***經(jīng)生物信息學(xué)分析和比對(duì)，檢測(cè)基因突變. 流程 包括DNA片段化和文庫制備、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析兩步。先將DNA切割成100-300bp的小片段，以便放入文庫；然后將片段與引物匹配，引物設(shè)計(jì)靠近外子邊緣以提高捕獲精密度和覆蓋率，經(jīng)PCR擴(kuò)增和鏈分析得到測(cè)序數(shù)據(jù)，再對(duì)比分析重建原始DNA序列. 優(yōu)勢(shì) ...

WES測(cè)序應(yīng)用領(lǐng)域 遺傳性疾病的診斷和研究：適用于具有遺傳病家族史、發(fā)育遲緩、智力障礙、自閉癥、先天性畸形等癥狀的患者，以及經(jīng)過相應(yīng)疾病panel檢測(cè)結(jié)果為陰性、需要更大范圍尋找可能遺傳病因的患者等?？梢园l(fā)現(xiàn)與遺傳病相關(guān)的基因突變和變異，為遺傳病的診斷、分型和研究提供依據(jù)。 **研究與個(gè)性化醫(yī)療：可用于檢測(cè)腫瘤細(xì)胞中的體細(xì)胞突變，幫助了解**的發(fā)***展機(jī)制，尋找潛在的***靶點(diǎn)，為**的精細(xì)***和個(gè)性化醫(yī)療提供指導(dǎo)。例如，通過對(duì)**患者的**組織和外周血進(jìn)行WES測(cè)序，對(duì)比分析腫瘤細(xì)胞中的基因突變情況，制定個(gè)性化的***方案。 藥物基因組學(xué)研究：確定患者的基因突變和變...

宏基因組二代測(cè)序，你了解多少？宏基因組二代測(cè)序（mNGS）是一項(xiàng)覆蓋病原譜廣且高通量的檢測(cè)技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對(duì)于血液病患者，病原mNGS通過對(duì)樣本快速高通量測(cè)序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對(duì)無偏倚的病原信息，對(duì)病原診斷起到積極的作用，尤其對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)未覆蓋到或檢測(cè)周期較長(zhǎng)、陽性率較低的病原可提高檢出率。對(duì)于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，病理、無菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報(bào)告解讀應(yīng)充分評(píng)估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時(shí)在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷?；诙鷾y(cè)序的罕見...

二代測(cè)序的建庫步驟②二、片段化處理物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動(dòng)將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構(gòu)建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調(diào)整超聲功率和時(shí)間，可以將DNA片段化到幾百堿基對(duì)（bp）的長(zhǎng)度范圍，一般在150-300bp左右，這符合二代測(cè)序的讀長(zhǎng)要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻，但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù)，否則可能會(huì)導(dǎo)致過度破碎或片段大小不一致。酶切方法：利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識(shí)別特定的DNA序列，并在這些序列處切割DNA。例如，用EcoRⅠ酶可以識(shí)別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合...

常見的二代測(cè)序平臺(tái)有哪些？ 二、IonTorrent系列 包括Proton/PGM等型號(hào)，其技術(shù)基于半導(dǎo)體芯片，可檢測(cè)DNA聚合反應(yīng)中釋放的氫離子，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)DNA序列的測(cè)定，通量適中，測(cè)序速度快，適用于快速檢測(cè)和一些臨床診斷應(yīng)用，如病原體檢測(cè)等. 華大智造系列DNBSEQ-T7/T20：通量高，能夠快速完成大量樣本的測(cè)序工作，適用于大規(guī)模的基因組學(xué)研究和臨床檢測(cè)項(xiàng)目，如群體基因組測(cè)序、**基因突變檢測(cè)等.MGISEQ-2000：性能穩(wěn)定，可提供準(zhǔn)確可靠的測(cè)序數(shù)據(jù)，在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、全基因組甲基化測(cè)序等多種應(yīng)用場(chǎng)景中都有良好表現(xiàn). 賽納生物S100利用流式熒光發(fā)生測(cè)序化...

二代測(cè)序應(yīng)用于蛋白組測(cè)序的常見方式②？ 結(jié)合質(zhì)譜技術(shù)的聯(lián)合分析 原理：質(zhì)譜技術(shù)是目前蛋白組學(xué)中鑒定和分析蛋白質(zhì)的**技術(shù)。它可以將蛋白質(zhì)酶解成肽段后進(jìn)行離子化，然后根據(jù)不同肽段在質(zhì)譜儀中的質(zhì)荷比等特征來確定肽段的序列，進(jìn)而推導(dǎo)出蛋白質(zhì)的序列信息。二代測(cè)序在這里的作用是輔助質(zhì)譜分析，比如對(duì)樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，獲得基因序列信息，幫助構(gòu)建蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫。當(dāng)質(zhì)譜檢測(cè)到肽段后，可以基于這個(gè)參考數(shù)據(jù)庫更精細(xì)地匹配和鑒定出對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)，同時(shí)也有助于分析蛋白質(zhì)的可變剪接產(chǎn)生的異構(gòu)體等復(fù)雜情況。 應(yīng)用案例：在**研究中，獲取**組織和相鄰正常組織樣本。先通過二代測(cè)序構(gòu)建該組織對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組...

什么是chip-seq？ Chip-seq即染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序（ChromatinImmunoprecipitationSequencing），是一種結(jié)合染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）技術(shù)與高通量測(cè)序（NGS）的分子生物學(xué)技術(shù)，可在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等相互作用的DNA區(qū)段。以下是具體介紹： 技術(shù)原理 染色質(zhì)固定：使用甲醛等試劑交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA，使蛋白-DNA相互作用的復(fù)合物固定，從而保留它們?cè)隗w內(nèi)的結(jié)合狀態(tài)。 染色質(zhì)片段化：采用超聲波或酶切的方法將染色質(zhì)剪切成適合測(cè)序的小片段，通常片段大小在200-500bp范圍內(nèi)。免疫共沉淀：利用特異性...

二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)和劣勢(shì)有哪些？?jī)?yōu)勢(shì)：能夠同時(shí)得到大量的序列數(shù)據(jù)，相比于一代測(cè)序技術(shù)，通量提高了成千上萬倍;單條序列成本非常低廉。劣勢(shì)：序列讀長(zhǎng)較短，Illumina平臺(tái)為250-300bp，454平臺(tái)也只有500bp左右;由于建庫中利用了PCR富集序列，因此有一些含量較少的序列可能無法被大量擴(kuò)增，造成一些信息的丟失，且PCR過程中有一定概率會(huì)引入錯(cuò)配堿基。想要得到準(zhǔn)確和長(zhǎng)度較長(zhǎng)的拼接結(jié)果，需要測(cè)序的覆蓋率較高導(dǎo)致結(jié)果錯(cuò)誤較多和成本增加。單細(xì)胞測(cè)序也是二代測(cè)序。安徽嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格二代測(cè)序的建庫步驟④四、接頭連接接頭選擇：根據(jù)測(cè)序平臺(tái)的要求選擇合適的接頭。不同的二代測(cè)序平臺(tái)（如Illumina...

不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度Illumina測(cè)序平臺(tái)：這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一，其測(cè)序速度較快。例如IlluminaNovaSeq系列，一次運(yùn)行可以在1-3天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng)，能夠滿足大規(guī)?；蚪M學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。Roche454測(cè)序平臺(tái)：Roche454測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快，其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng)，高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到400bp左右，一次運(yùn)行可以在24小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。BGISEQ系列：華大智造的BGISEQ系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn)，如全球二代測(cè)序速度**快設(shè)備E25量產(chǎn)，為快速測(cè)序提供了有力支持一代、二代、三代...

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的主要測(cè)序?qū)ο蟀ㄒ韵聨最悾ㄉ希? 信使RNA（mRNA） mRNA是編碼蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)錄本，在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，可通過對(duì)mRNA的測(cè)序和分析，了解基因的表達(dá)水平、可變剪接情況以及基因結(jié)構(gòu)變異等，從而揭示基因在特定細(xì)胞或組織中的功能和調(diào)控機(jī)制。 非編碼RNA 核糖體RNA（rRNA）：雖然rRNA在細(xì)胞中的含量豐富，但在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，通常會(huì)在前期實(shí)驗(yàn)中通過特定的方法將其去除，以減少其對(duì)其他RNA測(cè)序的干擾。不過在某些特殊研究中，如對(duì)rRNA的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制或其與其他分子的相互作用研究時(shí)，也可能會(huì)專門針對(duì)rRNA進(jìn)行測(cè)序。 轉(zhuǎn)運(yùn)RNA（tRNA）：tRNA在蛋白...

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程（下）測(cè)序根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測(cè)序平臺(tái)，如Illumina測(cè)序平臺(tái)。它的測(cè)序原理主要是邊合成邊測(cè)序（SBS）。在測(cè)序過程中，dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）帶有不同顏色的熒光標(biāo)記，當(dāng)新的dNTP加入到正在合成的DNA鏈時(shí)，通過檢測(cè)熒光信號(hào)來確定堿基類型，從而讀取cDN**段的序列。測(cè)序深度（覆蓋度）也是一個(gè)重要參數(shù)，一般來說，測(cè)序深度越高，檢測(cè)到的低表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的概率就越大，但成本也會(huì)相應(yīng)增加。數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)質(zhì)量控制是第一步，要去除低質(zhì)量的reads（如含有較多不確定堿基“N”的reads）和接頭序列。然后將高質(zhì)量的reads比對(duì)到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上，常用的...

什么樣本可以做二代測(cè)序？① 1、血液樣本 全血：這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞，其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過提取白細(xì)胞中的DNA，可以進(jìn)行全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序等。例如，在遺傳病的基因診斷中，抽取患者的全血，提取DNA后，對(duì)與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測(cè)序，以尋找致病突變。 血漿/血清：其中含有游離的DNA（cfDNA）和RNA（cfRNA）。在**患者中，腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán)，這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA（ctDNA）。通過對(duì)血漿中的ctDNA進(jìn)行測(cè)序，可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)等。例如，對(duì)于肺...

二代測(cè)序的建庫步驟②二、片段化處理物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動(dòng)將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構(gòu)建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調(diào)整超聲功率和時(shí)間，可以將DNA片段化到幾百堿基對(duì)（bp）的長(zhǎng)度范圍，一般在150-300bp左右，這符合二代測(cè)序的讀長(zhǎng)要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻，但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù)，否則可能會(huì)導(dǎo)致過度破碎或片段大小不一致。酶切方法：利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識(shí)別特定的DNA序列，并在這些序列處切割DNA。例如，用EcoRⅠ酶可以識(shí)別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合...

二代測(cè)序在代謝組的發(fā)展趨勢(shì) 深度整合多組學(xué)：未來會(huì)更加緊密地把二代測(cè)序相關(guān)的多組學(xué)（轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組等）與代謝組學(xué)進(jìn)行整合，構(gòu)建更為***的生物系統(tǒng)模型，不僅可以更好地闡釋復(fù)雜生命現(xiàn)象和疾病發(fā)***展機(jī)制，還能助力藥物研發(fā)、精細(xì)農(nóng)業(yè)等應(yīng)用領(lǐng)域的發(fā)展。 技術(shù)協(xié)同優(yōu)化：持續(xù)改進(jìn)二代測(cè)序技術(shù)和代謝組分析技術(shù)，提高各自的靈敏度、準(zhǔn)確性和通量，并且促使兩者在實(shí)驗(yàn)流程設(shè)計(jì)、樣本處理等方面更加適配，便于更高效地聯(lián)合開展研究，為深入探索生命奧秘提供更有力的支撐。 二代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)，使科研人員能夠以相對(duì)較少的經(jīng)費(fèi)獲得海量 DNA 序列。徐匯區(qū)哪里有二代測(cè)序運(yùn)用 二代測(cè)序——WES測(cè)序 ...

二代測(cè)序——微生物基因組挑戰(zhàn)與限制 基因組組裝困難：微生物基因組中的重復(fù)序列會(huì)給組裝帶來困難。例如，一些細(xì)菌基因組中存在核糖體RNA基因的串聯(lián)重復(fù)，這些重復(fù)序列在測(cè)序讀段較短的情況下，很難準(zhǔn)確地拼接在一起，可能會(huì)導(dǎo)致基因組組裝的碎片化，影響對(duì)基因組結(jié)構(gòu)的完整理解。 數(shù)據(jù)解讀復(fù)雜：測(cè)序得到的數(shù)據(jù)量巨大，對(duì)數(shù)據(jù)的解讀和分析需要復(fù)雜的生物信息學(xué)知識(shí)和工具。例如，基因功能注釋雖然可以通過與公共數(shù)據(jù)庫比對(duì)來完成，但數(shù)據(jù)庫中可能存在錯(cuò)誤信息或者不完整的信息，導(dǎo)致基因功能注釋的不準(zhǔn)確。而且，對(duì)于新發(fā)現(xiàn)的基因，可能沒有合適的比對(duì)對(duì)象，很難確定其功能。 樣本處理和污染問題：微生物樣本的采集...

二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的應(yīng)用領(lǐng)域醫(yī)學(xué)領(lǐng)域：1、疾病診斷：用于診斷各種遺傳性疾病，包括單基因遺傳?。ㄈ缒倚岳w維化、杜氏肌營(yíng)養(yǎng)不良等）和復(fù)雜疾病（如**、心血管疾病等）。在**研究中，通過對(duì)**組織和正常組織進(jìn)行全外顯子測(cè)序，可以發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞中的體細(xì)胞突變，這些突變可能是導(dǎo)致**發(fā)生、發(fā)展的關(guān)鍵因素，有助于醫(yī)生制定個(gè)性化的治療方案。2、藥物研發(fā)：幫助研究人員了解藥物靶點(diǎn)的基因變異情況。例如，如果發(fā)現(xiàn)某些患者的藥物靶點(diǎn)基因外顯子區(qū)域存在突變，可能會(huì)影響藥物的療效，從而可以針對(duì)性地開發(fā)新的藥物或者調(diào)整藥物的使用劑量和方式。遺傳學(xué)研究：用于研究人類群體的遺傳多樣性，通過對(duì)不同人群的外顯子測(cè)序，可以發(fā)現(xiàn)不...

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程（下）測(cè)序根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測(cè)序平臺(tái)，如Illumina測(cè)序平臺(tái)。它的測(cè)序原理主要是邊合成邊測(cè)序（SBS）。在測(cè)序過程中，dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）帶有不同顏色的熒光標(biāo)記，當(dāng)新的dNTP加入到正在合成的DNA鏈時(shí)，通過檢測(cè)熒光信號(hào)來確定堿基類型，從而讀取cDN**段的序列。測(cè)序深度（覆蓋度）也是一個(gè)重要參數(shù)，一般來說，測(cè)序深度越高，檢測(cè)到的低表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的概率就越大，但成本也會(huì)相應(yīng)增加。數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)質(zhì)量控制是第一步，要去除低質(zhì)量的reads（如含有較多不確定堿基“N”的reads）和接頭序列。然后將高質(zhì)量的reads比對(duì)到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上，常用的...

什么是chip-seq？ Chip-seq即染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序（ChromatinImmunoprecipitationSequencing），是一種結(jié)合染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）技術(shù)與高通量測(cè)序（NGS）的分子生物學(xué)技術(shù)，可在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等相互作用的DNA區(qū)段。以下是具體介紹： 技術(shù)原理 染色質(zhì)固定：使用甲醛等試劑交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA，使蛋白-DNA相互作用的復(fù)合物固定，從而保留它們?cè)隗w內(nèi)的結(jié)合狀態(tài)。 染色質(zhì)片段化：采用超聲波或酶切的方法將染色質(zhì)剪切成適合測(cè)序的小片段，通常片段大小在200-500bp范圍內(nèi)。免疫共沉淀：利用特異性...