宏基因組學(xué)或元基因組（metagenomics），其定義為“Thecollectivegenomesofsoilmicroflora”。該學(xué)科可追溯到第1次提出環(huán)境基因組學(xué)的概念，在對太平洋浮游生物進(jìn)行系統(tǒng)分類時構(gòu)建了第1個噬菌體文庫，并發(fā)現(xiàn)了15種全新的細(xì)菌序列。宏基因組學(xué)概念是“土壤中所有微生物基因組的總和”命名為土壤宏基因組，系統(tǒng)給出了宏基因組的概念，提出針對特定環(huán)境樣品中遺傳物質(zhì)總和進(jìn)行非培養(yǎng)研究。對宏基因組進(jìn)一步概括為“應(yīng)用現(xiàn)代的分子生物學(xué)技術(shù)直接從環(huán)境中獲取的目的微生物群落基因組，叫宏基因組”。宏基因組測序是通過比對數(shù)據(jù)庫，得到病原體的信息。上?？谇晃⑸锒鄻有苑治鲈\斷
宏病毒組是病毒的宏基因組，該技術(shù)是隨著高通量測序技術(shù)的興起而發(fā)展起來的。該技術(shù)主要是使用大量微生物群體樣本的測序數(shù)據(jù)和生物信息學(xué)分析手段，以多種數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)，進(jìn)行群體的種類和功能分析。因此，它主要的應(yīng)用場景在于微生物群體研究，如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術(shù)都是在細(xì)菌領(lǐng)域使用，病毒的樣本收集困難、文庫構(gòu)建繁瑣、數(shù)據(jù)庫不完善，因此宏基因組技術(shù)未能獲得普遍應(yīng)用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題，開發(fā)了整套的樣本處理和生信分析流程，基于這套流程，研究者們想對樣本進(jìn)行宏病毒組測序就很容易實(shí)現(xiàn)了。宏基因組測序分析技術(shù)病毒宏基因組測序在核酸純化環(huán)節(jié)，探普可以提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南。
目前構(gòu)建的病毒宏基因組學(xué)文庫主要有載體克隆文庫和基于高通量測序技術(shù)的加接頭的文庫。隨著深度測序技術(shù)的不斷發(fā)展，第二代高通量測序技術(shù)、第三代單分子測序技術(shù)已經(jīng)普遍地應(yīng)用于各項(xiàng)研究領(lǐng)域中，以454測序技術(shù)和Illumina測序技術(shù)為表示的二代測序法得到迅速推廣用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫，相信將來第三代測序平臺如tSMSTM（truesinglemolecularsequeneing）技術(shù)平臺、SMRT（singlemoleculereal-time）技術(shù)平臺、FRET測序技術(shù)及納米孔單分子技術(shù)為表示的第三代測序法也將應(yīng)用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫。Donaldson等[23]采用高通量測序技術(shù)構(gòu)建了蝙蝠腸道的病毒宏基因組學(xué)文庫，獲得了600000條讀長（Reads）的核酸序列。
病毒宏基因組測序注意事項(xiàng)：探普生物對樣本進(jìn)行宏病毒組測序?qū)嶒?yàn)基于二代測序技術(shù)。經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后，樣本轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南，以提高純度和得率，與此同時探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測序文庫。第三，生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。科學(xué)家通過對病毒進(jìn)行全基因組測序，能了解病毒不同傳播階段的變異情況。
宏基因組是1998年提出的新名詞，其定義為“thegenomesofthetotalmicrobiotafoundinnature”,即生境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和。它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因，目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和的基因組總和。而所謂宏基因組學(xué)(或元基因組學(xué)，metagenomics)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象，以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。一般包括從環(huán)境樣品中提取基因組DNA,進(jìn)行高通量測序分析，或克隆DNA到合適的載體，導(dǎo)入宿主菌體，篩選目的轉(zhuǎn)化子等工作。探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經(jīng)驗(yàn)，熟知各類病毒樣本的特性，對于樣本準(zhǔn)備有獨(dú)特的方法指南。鄭州病原微生物多樣性測序診斷
通過對樣本進(jìn)行宏病毒組測序可以了解不同群體間物種分布的差異。上海口腔微生物多樣性分析診斷
新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢，人類想要征服新發(fā)人畜共患病，就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原，并針對新病原進(jìn)行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機(jī)制及疫苗開發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù)，該技術(shù)結(jié)合深度測序技術(shù)（第二代、第三代測序技術(shù)）已經(jīng)在人類、動物、特定環(huán)境中挖掘出大量的新病毒，該技術(shù)不依賴于病毒培養(yǎng)及病毒序列，在國內(nèi)外被普遍應(yīng)用于新發(fā)人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷。就病毒宏基因組學(xué)在動物病毒研究中的應(yīng)用及研究進(jìn)展進(jìn)行了介紹。上?？谇晃⑸锒鄻有苑治鲈\斷
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