探普生物對樣本進行宏病毒組測序實驗基于二代測序技術。經過核酸純化-文庫構建-生物信息學分析這3大基本流程后,樣本轉換成了序列數(shù)據。首先,在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南,以提高純度和得率,與此同時探普生物也提供核酸純化服務。第二,文庫構建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點。探普生物專門針對這一點開發(fā)了超微量核酸文庫構建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構建成測序文庫。第三,生物信息學分析環(huán)節(jié)。寄生性質的生物下機數(shù)據一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據。探普生物基于該特點,優(yōu)化了自有數(shù)據庫,搭載了專門用的的生物信息學分析流程,可處理復雜背景下的目標物種序列。隨著醫(yī)學微生物學研究技術的不斷發(fā)展,病原學診斷已不再局限于病原體水平。廣東微生物多樣性測序服務公司
病毒宏基因組測序是在宏基因組學理論的基礎上,結合現(xiàn)有的病毒分子生物學檢測技術而興起的一個新的學科分支。而所謂宏基因組學(metagenomics)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,以功能基因篩選和測序分析為研究手段,以微生物多樣性、種群結構、進化關系、功能活性、相互協(xié)作關系及與環(huán)境之間的關系為研究目的的新的微生物研究方法。一般包括從環(huán)境樣品中提取基因組DNA,克隆DNA到合適的載體,導入宿主菌體,篩選目的轉化子等工作。杭州病毒多樣性測序分析病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過大數(shù)據分析微生物群體的功能。
狀病毒的發(fā)現(xiàn),病原宏基因組測序功不可沒。對一種新病毒進行鑒定和檢測,其中非常關鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次病情監(jiān)測和防控中,病原宏基因組測序發(fā)揮了至關重要的作用,利用其技術優(yōu)勢,研究人員在五天內就鑒定并分析出冠狀病毒的基因組,而2003年SARS的鑒定耗時5月余、2013年H7N9的鑒定耗時1月余。冠狀病毒2019-nCoV為線性單鏈RNA(ssRNA)病毒,基因組全長包含29903個核苷酸,10個基因。病毒基因組序列為進一步分析其傳染機理,傳播途徑,藥物靶點等提供了有利的支持。
病毒宏基因組測序的研究案例:噬菌體是糞便病毒組的主要成員,糞便病毒組移植(FVT)或能有效的調節(jié)腸道菌群。在該項概念驗證試驗中發(fā)現(xiàn),接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后,飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢,同時還能保持正常的血糖指標,F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導了這些保護性功能代謝作用。這項研究表明,F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關代謝類疾病。對噬菌體不造成損傷,大程度保證了病毒活性,適用于下游FVT研究。宏病毒組學(ViralMetagenomics)是宏基因組學的一個分支,但與傳統(tǒng)的宏基因組學概念不同,它是在宏基因組學概念的基礎上,結合病毒自身的特點,將宏基因組學方法應用到病毒學領域而形成的。宏基因組測序逐步在臨床上得到了很多的應用。
宏病毒組學是宏基因組學的一個分支,但與傳統(tǒng)的宏基因組學概念不同,它是在宏基因組學概念的基礎上,結合病毒自身的特點,將宏基因組學方法應用到病毒學領域而形成的。2002年,Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)將宏基因組學方法應用于海洋病毒群落的研究,發(fā)現(xiàn)噬菌體為海水中主要病毒組,這一研究標志著宏病毒組學正式應用于科學研究。簡而言之,宏病毒組學就是應用特殊方法把特定環(huán)境中所有病毒與其他微生物分開,然后提取的病毒核酸,用高通量技術進行病毒核酸測序,依托現(xiàn)有數(shù)據庫進行相應的比對工作,并運用軟件分析處理后得到研究樣品中病毒群落的組成信息。微生物鑒定可以采用不同微生物對周圍環(huán)境的資源的利用度有所不同的特性來區(qū)別。廣東微生物多樣性測序服務公司
對人和動物具有致病性的微生物稱為病原微生物,又稱病原體。廣東微生物多樣性測序服務公司
探普生物的病毒測序:由于探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經驗,熟知各類病毒樣本的特性,因此對于樣本準備有獨特的方法指南,這就為后續(xù)的分析結果打下了牢固的基礎,減少了客戶和公司之間的摩擦,也幾乎沒有售后問題。獨有的實驗和分析流程可兼容高復雜度低濃度的病毒核酸。因此探普生物的病毒測序結果質量有保障外還具備:樣本準備簡單,商務流程通暢,回復消息及時,反饋處理迅速等優(yōu)點。我國經濟進入“新常態(tài)”,總體上推動["病毒測序","病毒全基因組測序","病毒宏基因組測序","未知病原鑒定"]從粗放式增長向注重質量、效率方向轉變。
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