高通量測序在病毒準種研究中如何應用 在采用高通量測序技術研究準種耐藥性方面，人類免疫缺陷病毒(HIV)較為突出。人類免疫缺陷病毒的逆轉錄酶有非常大的錯配傾向，造成幾乎每復制1輪出現(xiàn)1個堿基對替換突變。被侵染的個體中存在非常巨大的病毒群，每天有1010個病毒粒子產(chǎn)生和死亡，在侵染后這種行為導致病毒快速形成一個多樣性的群，即準種。高通量測序是研究大群體中序列突變體特征的先進方法，它的一種應用是對個體抗病毒治療失敗時產(chǎn)生的數(shù)量很少的耐藥突變的定量研究。病毒是由一種核酸分子與蛋白質(zhì)構成或只由蛋白質(zhì)構成。北京全基因組測序分析服務
能實現(xiàn)對病毒的全基因組進行測序的技術手段：早期在高通量測序技術普及之前，對病毒的全基因組進行測序是通過非特異性擴增+克隆結合sanger測序來完成的。當物種有了參考的序列之后，可以通過特異性擴增+sanger測序獲得全基因組序列。Sanger測序準確度高，讀長很長，但與此同時，擴增和克隆工作費時費力，由于流程繁瑣，加上快速變異導致引物無法通用，該方法對于大量基因組的測序工作而言，可操作性不強，這對于研究者一直是一個困擾。高通量測序技術正式啟用之后，研究者可以將樣品處理至標準濃度和體積后進行測序和分析，減少了工作量，增加了成功率。探普生物進行了大量有針對性的研發(fā)和測試，開發(fā)了全套的實驗和分析流程用于對病毒的全基因組進行測序，該流程自運行以來廣受研究者們好評。
國內(nèi)病毒測序進化分析檢測高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次性的改變。
病毒是由一種核酸分子（DNA或RNA）與蛋白質(zhì)（Protein）構成或只由蛋白質(zhì)構成（如朊病毒）。根據(jù)遺傳物質(zhì)的組成，可分為單鏈DNA病毒（ssDNA）、雙鏈DNA病毒（dsDNA）、單鏈RNA病毒（ssRNA）、雙鏈RNA病毒（dsRNA）和蛋白質(zhì)病毒（如朊病毒）。根據(jù)宿主類型的不同，可以分為噬菌體（細菌病毒）、植物病毒（煙花葉病毒）和動物病毒（如禽流感病毒、天花病毒和HIV等）。病毒全基因組測序（VirusWholeGenomeSequencing，VWGS），是指基于第二代高通量測序技術，對病毒全基因組進行測序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因組序列，解析編碼信息，并獲得相應的變異信息。
一直以來，病毒基因組測序都是疾病診斷、流行病學調(diào)查和宿主-病原關系研究的重要手段。病毒的全基因組測序以及對應的生物信息學分析方法是研究病毒進化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎。與傳統(tǒng)Sanger測序相比，NGS技術的發(fā)展使得一個小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列，測序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大，其序列拼接難度也隨之增加。而且對于低濃度高復雜度的樣本，研究者除了PCR外別無他法。而PCR方法往往具有偏好性，丟失的片段將為序列組裝帶來非常高的失敗率。對于完全未知的樣本，無法通過PCR進行富集，要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法，逐個嘗試，工作量之大，其效率之低，使得一個新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。
病毒株都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導下一步的研究。
病毒全基因組測序在政策促進下，未來3—5年內(nèi)，我國將在醫(yī)藥、保養(yǎng)短缺地區(qū)建設一批高水平臨床醫(yī)治中心、高層次的人才培養(yǎng)基地和高水平的科研創(chuàng)新與轉化平臺，培育一批品牌優(yōu)勢明顯、跨區(qū)域提供高水平服務的集團。根據(jù)病毒測序，病毒全基因組測序，病毒宏基因組測序，未知病原鑒定相關領域極新技術發(fā)展趨勢，《2019年本》在鼓勵類條目中新增了技術開發(fā)和應用的有關內(nèi)容。例如，在化學原料藥領域增加了“連續(xù)反應”等技術，在技術領域增加了“基因醫(yī)治”和“抗體偶聯(lián)”等技術，在藥用包裝材料領域增加了“中性硼硅藥用玻璃”等材料與技術的開發(fā)應用，在醫(yī)藥領域增加了“人工智能輔助醫(yī)藥設備”等新技術內(nèi)容。
對病毒的全基因組進行測序主要是通過非特異性擴增+克隆結合sanger測序來完成。RNA病毒測序分析找哪家
DNA病毒基因組測序：一種指定DNA病毒盡量完整的序列。北京全基因組測序分析服務
病毒全基因組測序定：探普生物對病毒的全基因組進行測序的實驗基于二代測序技術。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫構建-生物信息學分析這3大基本流程后轉換成了序列數(shù)據(jù)。先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對性的核酸純化樣本指南，以提高目的物種的核酸純度和得率，與此同時探普生物也提供核酸純化服務。第二，文庫構建環(huán)節(jié)，樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點。探普生物專門針對這一點開發(fā)了超微量核酸文庫構建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構建成測序文庫。第三，生物信息學分析環(huán)節(jié)。生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進行測序的下機數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學分析流程，可處理復雜背景下的目標物種序列。
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