西安烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-09-04

當(dāng)下,單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)廣泛應(yīng)用于多種疾病發(fā)展過(guò)程中的關(guān)鍵過(guò)程和事件,如疾病從輕癥病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移病變的發(fā)展,以及疾病對(duì)多種藥物的反應(yīng)等等。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個(gè)問(wèn)題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會(huì)互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對(duì)關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會(huì)生效么?烈冰科技已建立了基于單細(xì)胞測(cè)序的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)多平臺(tái)。西安烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)(SingleCellSequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測(cè)序手段,幫助研究者在疾病樣本的異質(zhì)性、樣本微環(huán)境、發(fā)育學(xué)、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了BulkPopulationSequencing所無(wú)法解決的問(wèn)題。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來(lái)支撐。BDRhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評(píng)估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過(guò)程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的完善質(zhì)控。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BDRhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對(duì)單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證。繼單細(xì)胞懸液制備之后,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域收獲更多的成果。武漢烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)商業(yè)化服務(wù)單細(xì)胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,擴(kuò)展到了基因組、免疫組、蛋白組等多組學(xué)水平。

烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)提供從一個(gè)組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。其可以檢測(cè)組織樣本中的所有基因活動(dòng),并繪制活動(dòng)發(fā)生的位置,這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜,并進(jìn)一步理解疾病和生物學(xué)過(guò)程。目前,空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專(zhuān)業(yè)的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)、豐富的切片經(jīng)驗(yàn),配置了國(guó)際主流的儀器設(shè)備,實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)針對(duì)不同組織類(lèi)型優(yōu)化完善實(shí)驗(yàn)方案,并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP流程,保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量,全優(yōu)保障測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量。

單細(xì)胞測(cè)序是指針對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,可精確地描述每一個(gè)細(xì)胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過(guò)程中具有不可忽視的應(yīng)用價(jià)值。然而,單細(xì)胞測(cè)序無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,對(duì)于揭示發(fā)育過(guò)程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以點(diǎn)陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測(cè)序,可以精確指示點(diǎn)陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的加入,無(wú)疑讓單細(xì)胞測(cè)序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組為中心的多組學(xué)聯(lián)合分析有利于更好地理解基因變化與表型變化之間的關(guān)聯(lián)性。

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題,BD和10X這兩個(gè)平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1-6K不等的測(cè)序細(xì)胞量,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類(lèi)型。因此,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō),都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托RandomCellLabel技術(shù),使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),影響幾乎可以忽略不計(jì)(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,顯示無(wú)影響。分子檢測(cè)型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)中也有一些集 中于探究單細(xì)胞內(nèi)表觀遺傳組各層面的變化及關(guān)聯(lián)。寧波烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)提供了單個(gè)細(xì)胞水平下的科學(xué)研究視角。西安烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

隨著單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)(scRNA-Seq)的蓬勃發(fā)展,其在在胚胎發(fā)育,腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性,免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)化等多方面屢建奇功,但是由于細(xì)胞形態(tài)的不同和單細(xì)胞制備中細(xì)胞敏感性的差異等因素影響,scRNA-Seq在數(shù)據(jù)分析時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)細(xì)胞類(lèi)型占比失真,個(gè)別細(xì)胞類(lèi)型丟失等情況。為了克服單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的局限性,單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)(snRNA-Seq)應(yīng)運(yùn)而生,snRNA-Seq可利用凍存組織直接制備單細(xì)胞核進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,不僅克服了細(xì)胞形態(tài)差異致使的細(xì)胞捕獲差異,還克服了單細(xì)胞測(cè)序必須使用新鮮樣本的多個(gè)局限性。西安烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

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