現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營(yíng)在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是基于微流控通道的細(xì)胞與Beads的在通道內(nèi)的動(dòng)態(tài)結(jié)合，通過(guò)油相水相不相容的特點(diǎn)將結(jié)合了的細(xì)胞和Beads進(jìn)行分隔，在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識(shí)別。BD Rhapsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)采用靜態(tài)微孔技術(shù)（Cyto-Seq具有類似的技術(shù)原理）。通過(guò)微孔板的物理分隔，將一個(gè)個(gè)單個(gè)細(xì)胞和帶有標(biāo)簽的磁珠，一對(duì)一的“框”在微反應(yīng)的物理平臺(tái)中。這樣，每一個(gè)細(xì)胞都會(huì)結(jié)合一個(gè)磁珠，那么在每一個(gè)磁珠中上長(zhǎng)滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，這個(gè)抓手就會(huì)使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫(kù)。BD單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)同時(shí)兼容單細(xì)胞蛋白組測(cè)序（Ab-seq）和免疫組庫(kù)測(cè)序等工作。湖州BD VDJ單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是利用單細(xì)胞水平上的高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù)，突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性，針對(duì)多種組織類型的樣本，采用BD 細(xì)胞懸液制備protocol組織解離后，單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-10000個(gè)細(xì)胞， 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫(kù)測(cè)序，獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型，可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較，反映細(xì)胞間的異質(zhì)性，提供足夠靈活的定制測(cè)定法以滿足多種實(shí)驗(yàn)需要，并有效縮短實(shí)驗(yàn)是時(shí)間和降低測(cè)序成本。上海BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)服務(wù)基于磁珠Barcode和UMI及polyT的探針結(jié)構(gòu)，精細(xì)區(qū)分上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞中mRNA的來(lái)源及表達(dá)豐度。
烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)，為您提供可視化質(zhì)控系統(tǒng)，保證每次實(shí)驗(yàn)的可靠性：BD Rhapsody 掃描儀具有直接成像功能，可在工作流程的不同階段進(jìn)行質(zhì)量控制，如細(xì)胞捕獲率和細(xì)胞多態(tài)率（雙細(xì)胞率）。成像儀指標(biāo)可以確認(rèn)起始細(xì)胞樣本的質(zhì)量，并確認(rèn)微孔板工作流程中每個(gè)步驟的成功完成狀態(tài) ；在細(xì)胞裂解前的步驟中評(píng)估細(xì)胞活性；并對(duì)通過(guò)測(cè)序確定的細(xì)胞回收量進(jìn)行可靠估算。利用這些信息，在進(jìn)行高成本的下游測(cè)序之前，用戶可根據(jù)需要改變方向并解決實(shí)驗(yàn)中遇到的問(wèn)題。這些指標(biāo)允許用戶對(duì)不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進(jìn)行跟蹤。
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測(cè)序的龐大世界。
根據(jù)烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，為什么不建議您一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行，而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜，通過(guò)降維（pca），無(wú)監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí)，無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù)，都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí)，數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí)，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。BD平臺(tái)基于cyto-seq技術(shù)，實(shí)現(xiàn)細(xì)胞和磁珠的一對(duì)一結(jié)合。南京單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
2019年，烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺(tái)的單細(xì)胞風(fēng)濕類文章。湖州BD VDJ單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
作為單細(xì)胞測(cè)序的又一個(gè)重要里程碑，BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲平臺(tái)整合了儀器、試劑盒和基礎(chǔ)信息學(xué)軟件，能精確對(duì)接illumina測(cè)序儀，因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測(cè)序和分析，獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況，并通過(guò)對(duì)復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析，繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性，并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體，單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。湖州BD VDJ單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā)，發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大。一批專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì)，是實(shí)現(xiàn)企業(yè)戰(zhàn)略目標(biāo)的基礎(chǔ)，是企業(yè)持續(xù)發(fā)展的動(dòng)力。上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序，堅(jiān)持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針，贏得廣大客戶的支持和信賴。一直以來(lái)公司堅(jiān)持以客戶為中心、單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序市場(chǎng)為導(dǎo)向，重信譽(yù)，保質(zhì)量，想客戶之所想，急用戶之所急，全力以赴滿足客戶的一切需要。