淄博烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序

單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求，首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征，即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異。淄博烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上，并通過(guò)微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會(huì)落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠，那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長(zhǎng)滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會(huì)使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫(kù)。沈陽(yáng)烈冰單細(xì)胞測(cè)序豐富的測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題，10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量，這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此，這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō)，都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù)，使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象，相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō)，影響幾乎可以忽略不計(jì)（10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果，顯示無(wú)影響。

關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類型和樣本制備 ：10X平臺(tái)在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊，獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無(wú)細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊，且細(xì)胞活力高（＞70%）；此外，了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞（一般直徑不大于50μm）均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10X Genomics平臺(tái)兼容。一般來(lái)說(shuō)，細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來(lái)源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨(dú)特的，因此，必須在開(kāi)始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備，烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn)，累積10+物種、50+組織的消化protocol，若您的樣本為組織，且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液，烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。烈冰生物成立于2010年，專注于單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域科研服務(wù)。

細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評(píng)估在評(píng)估樣本質(zhì)量時(shí)，需要在細(xì)胞清洗和過(guò)濾之后測(cè)定細(xì)胞活力，這一點(diǎn)至關(guān)重要。測(cè)定細(xì)胞活力有許多種方法，烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺(tái)盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性，取決于我們了解樣本中有多少個(gè)細(xì)胞。一旦過(guò)濾和清洗完成，可采用細(xì)胞計(jì)數(shù)設(shè)備（如血球計(jì)數(shù)器或自動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)儀）進(jìn)行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細(xì)胞計(jì)數(shù)，還能計(jì)算出向微流體芯片上樣適量細(xì)胞所需的細(xì)胞懸液體積。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇。陜西10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)，烈冰提供高性價(jià)比服務(wù)方案。淄博烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序

10× Genomics單細(xì)胞方案要求使用具有較高活性的單細(xì)胞懸液。在實(shí)際實(shí)驗(yàn)中，我們發(fā)現(xiàn)因?yàn)闃颖绢愋秃椭苽鋯渭?xì)胞懸液方法的不同，容易出現(xiàn)單細(xì)胞懸液中死亡細(xì)胞的比例較高的情況。去除單細(xì)胞懸液中的死細(xì)胞和其他污染物對(duì)獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的。這是因?yàn)?，死亡的?xì)胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來(lái)。這種cell-free RNA會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)的背景噪聲，并會(huì)影響單細(xì)胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量。因此當(dāng)樣本活性較差時(shí)，對(duì)細(xì)胞懸液中細(xì)胞活性檢測(cè)后，需要進(jìn)行一般死細(xì)胞去除的工作（一般懸液活性小于70%時(shí)考慮此操作），以保證較高的上機(jī)捕獲細(xì)胞的質(zhì)量。淄博烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司一直專注于生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢，市場(chǎng)營(yíng)銷策劃，市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除?？兀浖_(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】，是一家醫(yī)藥健康的企業(yè)，擁有自己獨(dú)立的技術(shù)體系。目前我公司在職員工以90后為主，是一個(gè)有活力有能力有創(chuàng)新精神的團(tuán)隊(duì)。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營(yíng)宗旨，深受客戶好評(píng)。公司深耕單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序，正積蓄著更大的能量，向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展。