廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領域

來源: 發(fā)布時間:2021-12-09

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達解決方案是目前***一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細胞測序技術原理和組織切片染色結合在一起,從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息。空間轉(zhuǎn)錄組相關的顯微解剖技術通常分為兩類:機械和光學。前者包括 Tomo-seq 等,通過沿感興趣軸,利用冷凍切片機進行組織切片,然后在每個切片上均進行 RNA 測序。10x 提供的載玻片分為兩種:用于摸索組織比較好透化時間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實驗的基因表達玻片。細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學的適用方法。廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領域

廣義上來說,目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略:2.第一種是利用計算機算法,根據(jù)單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構組織的空間形態(tài)。例如Seurat,這是一個在單細胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包,我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù),加上對markegene進行原位測序的結果來重構組織的空間信息。3.第二種,激光顯微切割+二代測序(LCM+NGS)。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高,而且獲取的通量也比較低,如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細,可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略,就是基于高分辨圖像的原位測序。**經(jīng)典的是smFISH當然,這種方法的通量比較低。當然隨著技術的發(fā)現(xiàn),剛發(fā)布的FISH-seq技術通過多輪雜交的方式,已經(jīng)把測序通量提高到了10000+個轉(zhuǎn)錄本。5.***就是“基于空間條形碼(spatialbarcodes)的空間轉(zhuǎn)錄組技術。本文主要討論的也就是這種技術。后面主要討論的都是基于這種策略。 山西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,而其他***(例如肝臟)的空間轉(zhuǎn)錄組學研究相對滯后。

基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術?;谠粶y序(ISS)的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息,這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配,不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中,每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD,每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中,基因條形碼由SEDAL測序,其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?;贗SS技術的優(yōu)勢包括:單細胞分辨率、亞細胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應用于更大的組織區(qū)域。缺點是:檢測效率較低。

空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時,多方位測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而,現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace,這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法,它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結構將預處理數(shù)據(jù)作為輸入,無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中,輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢?

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術的準確性高嗎?下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結果,從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結果中,可以清晰看到Tmsb4x(B圖)和Selenow(C圖)在海馬體區(qū)域高表達,和已知的研究結果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備?空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術,涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素,處理不慎容易導致整個項目失敗??臻g轉(zhuǎn)錄組可以進行細胞間通訊分析,區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

空間轉(zhuǎn)錄組組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學信息。廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領域

中國銷售產(chǎn)業(yè)憑借獨特資源和市場優(yōu)勢,一舉成為資本角逐的重點領域之一。從世界范圍來看,美、歐、日等發(fā)達地區(qū)的銷售產(chǎn)業(yè)發(fā)展歷史悠久,無論是銷售產(chǎn)品制造業(yè)還是銷售服務業(yè),都處于全球優(yōu)先地位。近兩年來,權健事件、鴻茅藥酒、長生疫苗等醫(yī)藥領域負面新聞相繼爆出,醫(yī)美、及制藥成為服務型問題重災區(qū),這些問題都是對消費者生命財產(chǎn)安全的漠視,這都極大影響了消費者對服務型的信任度。醫(yī)藥健康上下游未整體規(guī)劃,醫(yī)用物流公司十分分散,許多下游需求店鋪及用戶因物流體系不完善而放棄該種醫(yī)藥的引入和使用。由于醫(yī)用藥保存條件要求十分高,存儲倉庫與冷藏運輸車等的建設與運行成本便居高不下,使得醫(yī)藥冷鏈物流從建設到運營中的成本都遠超于傳統(tǒng)物流成本。以科研服務,科研檢測,學術研究,技術咨詢?yōu)槔鞔蜻\動健康APP停留在工具層面,缺少完整的消費場景閉環(huán),較強的工具屬性停留在實現(xiàn)用戶**基礎的功能需求,并未涉及足夠高的用戶使用價值實現(xiàn),同時缺乏數(shù)字化運營的效能也是運動健康APP發(fā)展的明顯桎梏,經(jīng)營模式有待進一步探索。廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領域

上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號25幢,是一家檢驗檢測服務。(依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動,具體經(jīng)營項目以相關部門批準文件或許可證件為準)一般項目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險品化學品、監(jiān)控化學品、易制毒化學品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關技術咨詢、技術服務,會務服務,企業(yè)管理咨詢。的公司。公司自創(chuàng)立以來,投身于科研服務,科研檢測,學術研究,技術咨詢,是醫(yī)藥健康的主力軍。歐易生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關鍵領域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。歐易生物始終關注醫(yī)藥健康市場,以敏銳的市場洞察力,實現(xiàn)與客戶的成長共贏。