專注單細(xì)胞測序

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在單個細(xì)胞水平對mRNA 進(jìn)行高通量測序的一項新技術(shù)，其原理是將多細(xì)胞生物分離的單個細(xì)胞中微量的轉(zhuǎn)錄組mRNA 通過高效擴(kuò)增后再進(jìn)行高通量測序。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序能夠有效解決組織樣本無法**的細(xì)胞異質(zhì)性難題以及常規(guī)RNA-seq 被掩蓋的細(xì)胞群內(nèi)的轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性難題，有助于發(fā)現(xiàn)新的稀有細(xì)胞類型，并深入了解發(fā)育過程中的表達(dá)調(diào)控機(jī)制。近年來，已有多種單細(xì)胞測序技術(shù)及平臺應(yīng)用而生。其中，基于微流控技術(shù)的平臺通量有限，基于板型技術(shù)的平臺有耗時的熒光***細(xì)胞分選過程，近來基于液滴技術(shù)的平臺的10xGenomics 憑借其單次成千上萬的細(xì)胞通量、周期短及成本低成為目前主流的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序平臺。研究對象的“基本屬性”決定了單細(xì)胞高通量技術(shù)是目前我們解析各種生命現(xiàn)象、揭示生物學(xué)機(jī)制的技術(shù)手段。專注單細(xì)胞測序

2021年12月，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)學(xué)院楊倩教授及生命科學(xué)學(xué)院林建副教授，于Cell＆Bioscience(IF:7.133) 在線發(fā)表了IBDV ***雞法氏囊的單細(xì)胞測序的***研究成果。研究工作內(nèi)容的主要承擔(dān)者為Abid Ullah Shah博士。歐易生物提供高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（10x Genoimics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序）技術(shù)支持。該研究從雞傳染性法氏囊病毒的鼻腔***入手，一方面***闡述了IBDV 通過雞鼻腔傳播至法氏囊的傳播途徑及病毒***主要靶細(xì)胞；另一方面，研究初步闡明家禽細(xì)胞應(yīng)用RNAi抵抗IBDV的分子機(jī)制，為高效防控家禽RNA病毒奠定理論基礎(chǔ)。天津介紹單細(xì)胞測序銷售價格單細(xì)胞測序業(yè)務(wù)已成為這些公司業(yè)務(wù)的重要組成部分，單細(xì)胞業(yè)務(wù)占比也逐年提升。

歐易單細(xì)胞測序繼續(xù)發(fā)力！近日，歐易生物合作客戶復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院王群教授團(tuán)隊在EBioMedicine（IF8.143）期刊發(fā)表的關(guān)于食管鱗狀細(xì)胞*（ESCC）分子圖譜的相關(guān)成果，對食管鱗狀細(xì)胞*的異質(zhì)性和**微環(huán)境進(jìn)行深入的分析并提出了食管鱗狀細(xì)胞****的潛在靶點。歐易生物提供了該項目單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)。歡迎有意向開展單細(xì)胞測序研究的老師們向我們咨詢溝通單細(xì)胞相關(guān)問題。

工作材料：5個**組織和5個配對正常組織

期刊：EBioMedicine

發(fā)表時間：2021年6月27日

方法：歐易生物10xGenomicsscRNA-seq

單細(xì)胞全基因組測序技術(shù)是在單細(xì)胞水平對全基因組進(jìn)行擴(kuò)增與測序的一項新技術(shù)。其原理是將分離的單個細(xì)胞的微量全基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增，獲得高覆蓋率的完整的基因組之后通過外顯子捕獲進(jìn)而高通量測序用于揭示細(xì)胞群體差異和細(xì)胞進(jìn)化關(guān)系。全基因組擴(kuò)增技術(shù)主要分為兩種類型：一是基于熱循環(huán)以PCR為基礎(chǔ)的擴(kuò)增技術(shù)，如簡并寡核苷酸引物PCR (DOP-PCR)、連接反應(yīng)介導(dǎo)的PCR (LM-PCR)、擴(kuò)增前引物延伸反應(yīng) (PEP)等；一是基于等溫反應(yīng)不以PCR為基礎(chǔ)的擴(kuò)增技術(shù)，如多重置換擴(kuò)增 (MDA) 和基于引物酶的全基因組擴(kuò)增 (pWGA)。單細(xì)胞蛋白組和代謝組受制于質(zhì)譜儀器的靈敏度，目前還存在一定的難度。

單細(xì)胞懸液制備難于標(biāo)準(zhǔn)化。

基于酶學(xué)的樣本處理方法，大都會存在一定程度的解離偏好性，即不同的酶處理不同的組織往往會有不太一樣的「效果」，而這種效果不僅*反應(yīng)在細(xì)胞得率，細(xì)胞活性和細(xì)胞碎片等參數(shù)上，往往也會在**終細(xì)胞類型有所反映，比如可能會導(dǎo)致部分稀有細(xì)胞的丟失，細(xì)胞比例的失真等，從而偏離組織的真實狀態(tài)。另外，細(xì)胞懸液的制備過程較長，通常需要3-5小時，這個過程會導(dǎo)致細(xì)胞處于「應(yīng)激狀態(tài)」中，轉(zhuǎn)錄的過程可能已經(jīng)發(fā)生變化，偏離臨床實驗的終點設(shè)計，會對結(jié)果的判斷造成一定的影響。針對如上問題，歐易團(tuán)隊從已發(fā)表的高影響力的文獻(xiàn)中，匯總出針對不同類型組織的處理方法，確保實驗結(jié)果與文獻(xiàn)并軌（同頻）。對于應(yīng)激問題，我們也開發(fā)出了低溫解離方法，使樣本始終處于「休眠」?fàn)顟B(tài)，從而保證了樣本符合臨床取樣終點，還原其生物學(xué)的真實狀態(tài)。另外細(xì)胞核測序也是一個替代的選擇，對樣本的要求較低，可以解鎖大量臨床信息明確、低溫冷凍的標(biāo)本。細(xì)胞核制備也不依賴于酶學(xué)，全程在低溫環(huán)境，也能真實還原樣本的臨床狀態(tài)。歐易在細(xì)胞核測序的核懸液準(zhǔn)備上積累了很多經(jīng)驗。 我們將持續(xù)加大單細(xì)胞測序相關(guān)的研發(fā)投入，從樣本的處理優(yōu)化到多組合標(biāo)簽技術(shù)的開發(fā)應(yīng)用等。推薦單細(xì)胞測序活動

利用單細(xì)胞測序技術(shù)全球的科研人員從“異質(zhì)性”的角度在不同研究領(lǐng)域進(jìn)行深入挖掘，獲得眾多新發(fā)現(xiàn)。專注單細(xì)胞測序

h5Seurat 文件格式是專門為存儲和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間表達(dá)數(shù)據(jù)而設(shè)計的，比如 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)。它能夠保存所有分子信息和相關(guān)描述的數(shù)據(jù)，包括降維信息、空間坐標(biāo)以及細(xì)胞群標(biāo)簽等。HDF  是用于存儲和分發(fā)科學(xué)數(shù)據(jù)的一種自我描述、多對象文件格式。HDF  由美國國家超級計算應(yīng)用中心（NCSA）創(chuàng)建，以滿足不同群體的科學(xué)家在不同工程項目領(lǐng)域之需要。后來由一個非盈利組織 HDF Group 支持，其版本包括了 HDF4 和現(xiàn)在大量使用的 HDF5。專注單細(xì)胞測序

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型公司。歐易生物致力于為客戶提供良好的科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，一切以用戶需求為中心，深受廣大客戶的歡迎。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點競爭力，努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識，遵守行業(yè)規(guī)范，植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展。在社會各界的鼎力支持下，持續(xù)創(chuàng)新，不斷鑄造高質(zhì)量服務(wù)體驗，為客戶成功提供堅實有力的支持。