安徽差異蛋白組學(xué)和itraq

來源: 發(fā)布時間:2022-05-25

隨著美國臨床蛋白質(zhì)組**分析項目(CPTAC)和中國人類蛋白質(zhì)組計劃(CNHPP)等大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計劃的推進,發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學(xué)分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等技術(shù),在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對比這些文章,可以發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中逐漸成為**結(jié)果,且蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析有些共同特點,即:1)基于蛋白質(zhì)組進行**分子分型2)分析不同亞型患者的臨床特征3)免疫、代謝、突變、微生物等**領(lǐng)域研究熱點在不同亞型中的差別分析4)篩選亞型特征分子作為預(yù)后標(biāo)志物或潛在的藥靶進行驗證或機制研究該文是樊嘉院士/周虎研究員/高大明研究員/**教授團隊繼2019年Cell發(fā)表的肝細胞*多組學(xué)研究后,同樣基于蛋白質(zhì)組為**的多組學(xué)聯(lián)合分析策略,進一步闡釋了蛋白質(zhì)組學(xué)驅(qū)動精細醫(yī)學(xué)的優(yōu)勢,為**的發(fā)***展機制、分子分型、預(yù)后監(jiān)測和個性化***策略提供新思路。單細胞組學(xué) 單細胞蛋白組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué) 。安徽差異蛋白組學(xué)和itraq

使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析,與GFP-群體相比,在GFP+細胞中TM處理后,線粒體復(fù)合物IV的多個亞基被特異性下調(diào),對下調(diào)的蛋白質(zhì)進行基因本體 (GO)分析,顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時作者還分析了從人 LM2 細胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細胞,在 TM 處理 48 小時后蛋白組學(xué)分析,揭示了GFP+細胞優(yōu)先富集,同時揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路。因此,TM 處理特別影響具有更高細胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶,是線粒體ETC的終末酶。上海蛋白組學(xué)聚類分析熱圖蛋白組學(xué)常見研究模式 | 蛋白質(zhì)組專題_鹿明生物。

iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)研究方法:2021年7月,海南大學(xué)園藝園林學(xué)院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發(fā)表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果,通過RNA測序(RNA-seq)和iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)研究方法,發(fā)現(xiàn)了油茶種子成熟過程中與油質(zhì)相關(guān)關(guān)鍵代謝產(chǎn)物的積累模式特征,探究了不同成熟度油茶轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組譜機理,描繪了海南油茶種子成熟過程的動態(tài)變化圖譜。為該樹種的遺傳改良提供了理論依據(jù)。

運用生物技術(shù):TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、PRM蛋白靶向驗證由鹿明生物提供技術(shù)支持:2021年12月,上海交通大學(xué)張荻課題組在Frontiers in Plant Science發(fā)表題為 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果,通過TMT標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)和平行反應(yīng)監(jiān)測蛋白靶向驗證(PRM)技術(shù)研究方法,構(gòu)建了蓮花胚胎脫水保護的生理調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為揭示荷花種子長壽的脫水保護機制提供了新的見解。研究機構(gòu),提供蛋白組學(xué)聯(lián)合分析,技術(shù)咨詢服務(wù)。

綜上所述,本研究應(yīng)用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)合iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態(tài)變化。此外,作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化,其中317個DAPs被轉(zhuǎn)錄組結(jié)果覆蓋。結(jié)合結(jié)構(gòu)基因(蛋白)或轉(zhuǎn)錄因子的表達譜及相應(yīng)化合物的含量,對重要代謝產(chǎn)物的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行了探討。結(jié)果表明,黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱,而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。一文了解DIA、TMT/iTRAQ、傳統(tǒng)Label free蛋白組學(xué)區(qū)別在哪。上海蛋白組學(xué)聚類分析熱圖

單細胞蛋白質(zhì)組學(xué),極微量樣本檢測。安徽差異蛋白組學(xué)和itraq

蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法研究案例:2021年10月,中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所武愛波研究員課題組在Ecotoxicology and Environmental Safety發(fā)表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果,通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法,探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)對成肌細胞分化的影響,發(fā)現(xiàn)了DON處理使得細胞骨架蛋白和細胞外基質(zhì)蛋白表達下調(diào),并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路的機理,為食品和飼料污染的防治提供了理論依據(jù)。安徽差異蛋白組學(xué)和itraq

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