南通ISA整合位點實驗室

應(yīng)用場景：單克隆抗體藥物輔助篩選；致xingbing毒整合位點檢測與整合偏好性分析等；WGS不適用于轉(zhuǎn)染之后未經(jīng)過傳代培養(yǎng)和表型篩選的細(xì)胞系。豐富的項目經(jīng)驗?zāi)壳?，唯可已與國內(nèi)外多家免疫zhiliao研究前沿企業(yè)開展合作，采用該方法對高度異質(zhì)性的CAR-T細(xì)胞進(jìn)行整合位點檢測與細(xì)胞安全性評估，具有較為豐富的項目經(jīng)驗。一般HBV插入到基因組中形成下圖結(jié)構(gòu)。使用三代測序，靶向插入?yún)^(qū)域的測序reads可分為Readsgroup1（HBV插入?yún)^(qū)域測通）和Readsgroup2（reads部分比對染色體，部分比對HBV插入?yún)^(qū)域）。基于三代數(shù)據(jù)比對后bam文件的IGV圖，判斷變異類型，推斷斷點類型和插入序列。在靶向CD19的CAR-T臨床試驗中,慢病毒傳染的CAR-T整合位點顯示出更的抗效力。南通ISA整合位點實驗室

基因編輯產(chǎn)品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險。?腺相關(guān)病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險。以上長期隨訪時間的建議主要基于基因zhiliao的產(chǎn)品類型，具體產(chǎn)品的隨訪時間取決于產(chǎn)品的特性和體內(nèi)存在時間、轉(zhuǎn)基因表達(dá)時間、遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期時間及發(fā)生率、受試者適應(yīng)癥和預(yù)期生存期、給藥途徑、以及長期隨訪的其他觀察目的。隨著隨訪數(shù)據(jù)的積累，研究者和研究申辦方可能會根據(jù)產(chǎn)品的存在情況、轉(zhuǎn)基因表達(dá)和臨床表現(xiàn)的持續(xù)評估情況，延長或縮短長期隨訪的持續(xù)時間。如果研究申辦方認(rèn)為其基因zhiliao產(chǎn)品安全性風(fēng)險較低、無需開展長期隨訪臨床研究，或者希望變更隨訪時間，應(yīng)合理說明依據(jù)或變更理由并與藥品監(jiān)督管理部門進(jìn)行溝通。南通ISA整合位點實驗室慢病毒載體在人角質(zhì)形成細(xì)胞基因組中的整合位點分析。

相較于LM-PCR方法，重組細(xì)胞全基因組重測序需要較大數(shù)據(jù)量，比較適合用于經(jīng)過表型篩選的單克隆細(xì)胞的測序，比如用于抗體藥物生產(chǎn)重組CHO細(xì)胞的位點檢測，但全基因組測序可對宿主基因組自身的變異進(jìn)行檢測。應(yīng)用場景：CAR-T細(xì)胞安全性檢測（藥物申報）；基因zhiliao研究中使用的病毒性載體的安全性檢測等；1.LM-PCR不適合評估每個整合位點插入序列發(fā)生的變異，不適用于插入序列的拷貝數(shù)檢測，拷貝數(shù)檢測可以采用qPCR方法進(jìn)行。2.INZR-WGS（WGS法）

例如，對于經(jīng)過基因修飾的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品如CAR-T，采用實時熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(qPCR)和流式細(xì)胞術(shù)（Flowcytometry）進(jìn)行PK分析，分別通過測定外源基因拷貝和CAR+細(xì)胞數(shù)量的變化，有助于互相驗證檢測方法的可靠性，可以更duomian的分析產(chǎn)品在體內(nèi)的擴增和存活情況。對于大多數(shù)免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，可以通過細(xì)胞和/或體液免疫應(yīng)答分析藥效學(xué)活性。有多個特異性靶點的zhiliao產(chǎn)品，應(yīng)分析其對每個靶點的作用活性。如果細(xì)胞經(jīng)體外基因修飾，在體內(nèi)分泌特定蛋白、多肽或其它活性成分，或敲除了特定基因的表達(dá)，也需要進(jìn)行針對性的藥效學(xué)分析，如檢測特定蛋白的活性、持續(xù)時間和變化情況等。通過分選CAR-T 細(xì)胞,對T細(xì)胞受體(TCR)β鏈庫進(jìn)行深度測序(TCR-seq)以及慢病毒載體整合位點(LVIS)分析。

免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品的風(fēng)險水平與多種因素有關(guān)，如細(xì)胞來源和類型、體內(nèi)活性和存活時間、是否有外源基因表達(dá)、基因表達(dá)使用的載體類型以及是否存在基因組整合等。針對不同風(fēng)險水平的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，隨訪持續(xù)時間的建議如下：?對于沒有外源基因表達(dá)、且體外操作不改變細(xì)胞存活時間及分化潛能的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，長期隨訪的持續(xù)時間不應(yīng)短于細(xì)胞在體內(nèi)的自然存活時間，建議對受試者進(jìn)行1年或以上的隨訪。22?對于有外源基因表達(dá)、但不存在基因整合或基因重組風(fēng)險，或載體的基因整合或重組風(fēng)險較低的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，建議對受試者進(jìn)行不少于5年的隨訪。?對于有外源基因表達(dá)、而且表達(dá)載體存在基因整合或有基因重組風(fēng)險的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，建議對受試者觀察不少于15年。整合位點相比γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒更安全，成本更高。南通LV整合位點分析

整合位點分析,基因和細(xì)胞的安全指南。南通ISA整合位點實驗室

慢病毒整合事件要素及檢測方法要求：對于食藥監(jiān)局指導(dǎo)性文件和既往研究內(nèi)容，我們不難發(fā)現(xiàn)對于慢病毒整合檢測所謂整合事件至少包含三個要素：整合位置；整合方向；特定整合位置和整合方向的juedui克隆數(shù)目；因此檢測在定性和定量性能方面都有要求，檢測方法需要結(jié)合臨床樣本進(jìn)行分析性能進(jìn)行系統(tǒng)驗證。慢病毒整合位點檢測方法，目前檢測慢病毒整合位點的主要平臺為高深度測序（NGS)。而目前較為成熟已經(jīng)應(yīng)用于工業(yè)產(chǎn)品檢測及臨床研究的整合位點富集建庫方法為機械片段化及依賴于接頭的擴增子建庫(LM-PCR,如INSPIIRED),已經(jīng)應(yīng)用于多個CART19臨床項目的安全性評估及與CAR-T細(xì)胞增值相關(guān)的回顧yao效學(xué)分析。南通ISA整合位點實驗室