如何檢測(cè)脫靶效應(yīng)?在gRNA修飾中,截短的sgRNA是一種減少脫靶效應(yīng)的簡(jiǎn)單方法,并且基于RNP的遞送在大多數(shù)情況下適用于獲得更高的目標(biāo)活性。此外,選擇合適的Cas變體對(duì)于減少脫靶效應(yīng)也至關(guān)重要。但選擇合適的脫靶檢測(cè)工具,也是重中之重。脫靶預(yù)測(cè)結(jié)合PCR檢測(cè)法,利用脫靶預(yù)測(cè)軟件預(yù)測(cè)潛在的脫靶位點(diǎn),PCR擴(kuò)增預(yù)測(cè)的脫靶位點(diǎn),利用直接測(cè)序或酶切法檢測(cè)脫靶情況。操作簡(jiǎn)便、成本低偏倚性預(yù)測(cè)。全基因組測(cè)序,一種通過(guò)高通量測(cè)序檢測(cè)脫靶突變的方法,需要選擇適當(dāng)?shù)膮⒖蓟蚪M過(guò)濾背景突變,數(shù)據(jù)比對(duì)分析獲得含有PAM基序的潛在修飾位點(diǎn),進(jìn)一步基因擴(kuò)增驗(yàn)證其突變情況。高通量全基因組范圍檢測(cè)可檢測(cè)SNPs,Indels和染色體水平變化。脫靶檢測(cè)企業(yè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。上海crispr脫靶檢測(cè)報(bào)告
CIRCLE-Seq,將gDNA打斷并環(huán)化,環(huán)化的DNA與CRISPR/RNP孵育,NGS測(cè)序檢測(cè)線(xiàn)性化的DNapian段,確定脫靶位點(diǎn)。PCR富集后測(cè)序,成本相對(duì)較低,能檢測(cè)低頻脫靶突變。安必奇sgRNA脫靶效應(yīng)評(píng)估,安必奇生物提供sgRNA脫靶效應(yīng)評(píng)估服務(wù),幫助您挑選高度特異,脫靶率低的sgRNA進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。同時(shí),我們也協(xié)助您檢測(cè)分析基因編輯后細(xì)胞樣品的脫靶情況,通過(guò)各種高通量測(cè)序檢測(cè)技術(shù),我們能準(zhǔn)確的分析全基因組范圍內(nèi)的脫靶位點(diǎn),推動(dòng)CRISPR/Cas9技術(shù)在zhiliao藥物開(kāi)發(fā)和臨床研究中的應(yīng)用。我們的優(yōu)勢(shì):靈敏度高:能檢測(cè)低頻脫靶突變★準(zhǔn)確性高:檢測(cè)結(jié)果可通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證★多種檢測(cè)方法可選擇以滿(mǎn)足不同的實(shí)驗(yàn)需求常州基因療法脫靶檢測(cè)分析脫靶檢測(cè)評(píng)估,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
由于設(shè)計(jì)的sgRNA會(huì)與非靶點(diǎn)DNA序列錯(cuò)配,引入非預(yù)期的基因突變,即脫靶效應(yīng)(Off-targeteffects)。脫靶效應(yīng)造成了研究中的許多不確定性,這無(wú)疑限制了該技術(shù)的應(yīng)用。因此,研究者希望能開(kāi)發(fā)有效的方法來(lái)檢測(cè)脫靶效應(yīng)。在目前主流的脫靶效應(yīng)評(píng)估方法中,有一種方法為GUIDE-seq,其原理是利用一種短的雙鏈寡聚核苷酸(dsODN)標(biāo)記CRISPR/Cas誘導(dǎo)的脫靶斷裂,然后對(duì)標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域進(jìn)行高通量測(cè)序,通過(guò)生物信息學(xué)分析從而確定脫靶位點(diǎn)。利用該技術(shù)可以在基因組范圍內(nèi)檢測(cè)CRISPR脫靶效應(yīng),從而改變了以往先預(yù)測(cè)假定脫靶位點(diǎn)再檢測(cè)的思路;與其他的評(píng)估方法相比,GUIDE-seq更精確、更靈敏。
堿基編輯器:CBE:胞嘧啶堿基編輯器(Cytosine base editor,CBE),依賴(lài)于胞嘧啶核苷脫氨基酶,通過(guò)將胞嘧啶核苷脫氨轉(zhuǎn)換為尿嘧啶核苷,尿嘧啶核苷在DNA復(fù)制和修復(fù)過(guò)程中會(huì)轉(zhuǎn)換為胸腺嘧啶核苷,從而實(shí)現(xiàn)C到T的轉(zhuǎn)換。已開(kāi)發(fā)出四代CBE(BE1、BE2、BE3和BE4),由于BE3引起的脫靶效應(yīng)相對(duì)較少,因此它已在動(dòng)物(小鼠)、細(xì)菌和植物細(xì)胞中廣用于編輯細(xì)胞的基因組成。腺嘌呤堿基編輯器(Adenine base editor,ABE),依賴(lài)于腺嘌呤核苷脫氨基酶,通過(guò)將腺嘌呤核苷脫氨轉(zhuǎn)換為次黃苷,然后在DNA復(fù)制和修復(fù)過(guò)程中會(huì)轉(zhuǎn)換為鳥(niǎo)嘌呤核苷,從而實(shí)現(xiàn)腺嘌呤(A)到鳥(niǎo)嘌呤(G)的轉(zhuǎn)換。新開(kāi)發(fā)的堿基編輯器ABE8e,比ABE7.10增加了590倍的靶向活性。種子基因脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
不論在科研還是臨床中,CRISPR技術(shù)的使用都帶來(lái)了非常高的回報(bào),也同時(shí)伴隨著各種風(fēng)險(xiǎn),這其中脫靶現(xiàn)象就研究者們較為擔(dān)心的一類(lèi)風(fēng)險(xiǎn)。本文中我們盤(pán)點(diǎn)了多種主流的CRISPR脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法,但沒(méi)有一種方法是適用于所有CRISPR技術(shù)的脫靶檢測(cè),一個(gè)項(xiàng)目中只使用一種脫靶檢測(cè)方法也是不足夠的。如何在實(shí)驗(yàn)中,特別是臨床試驗(yàn)中多方面評(píng)估CRISPR的脫靶風(fēng)險(xiǎn),需要將多種脫靶檢測(cè)方法有效組合。同時(shí),每一條sgRNA都不可避免地存在脫靶位點(diǎn),如何評(píng)估這種風(fēng)險(xiǎn),如何降低這種風(fēng)險(xiǎn),具體的解決方案我們用臨床實(shí)例來(lái)為大家介紹。可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達(dá),即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應(yīng)。浙江種子基因脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)
基因編輯脫靶將無(wú)處隱藏。上海crispr脫靶檢測(cè)報(bào)告
誘導(dǎo)多能干細(xì)胞來(lái)源的細(xì)胞產(chǎn)品。誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(inducedpluripotentstemcell,iPS)自身具有致瘤性風(fēng)險(xiǎn),在體內(nèi)可形成畸胎瘤,整合病毒載體的使用和誘導(dǎo)多能性可能增加iPS細(xì)胞插入致突變性和致性的風(fēng)險(xiǎn)。因此,應(yīng)在shou次臨床試驗(yàn)前完成致瘤性試驗(yàn)。若設(shè)計(jì)科學(xué)合理,能夠滿(mǎn)足評(píng)價(jià)要求,也可在持續(xù)時(shí)間足夠長(zhǎng)的毒性研究中評(píng)估致瘤性風(fēng)險(xiǎn)。體內(nèi)致瘤性試驗(yàn)建議采用摻入未分化iPS細(xì)胞的細(xì)胞產(chǎn)品作為陽(yáng)性對(duì)照,以確認(rèn)實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的靈敏度。如果iPS細(xì)胞設(shè)計(jì)了機(jī)制以降低致瘤風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)在體內(nèi)試驗(yàn)中確認(rèn)/驗(yàn)證此類(lèi)機(jī)制的功能 上海crispr脫靶檢測(cè)報(bào)告