北京基因療法脫靶檢測方法

2022年2月下旬，在醫(yī)麥客舉辦的年度盛會——“蓄力前行，助航新生——2021 CSGCT基因與細胞zhiliao醫(yī)學峰會”期間，唯可生物創(chuàng)始人兼CEO-吳寧博士分享了唯可生物在基因zhiliao賽道針對安全性展開的技術服務，讓在場行業(yè)大咖和觀眾真正領會到ISA(integration site analysis，整合位點插入分析)領域國際金標準技術的優(yōu)勢，以及基因編輯定量脫靶檢測、載體拷貝數(shù)檢測、載體質量控制等多項檢測技術的行業(yè)意義。吳寧博士畢業(yè)于德國海德堡大學，德國國家aizheng研究中心(DKFZ)，并于2021年3月同幾位合伙人聯(lián)合創(chuàng)立了上海唯可生物科技有限公司。其創(chuàng)始團隊擁有的檢測技術包括源于DKFZ，Manfred Schmidt團隊的LAM-PCR(linear amplification-mediated Polymerase Chain Reaction，線性擴增陽離子介導的聚合酶鏈反應)，LTA-PCR(Ligation-mediated target amplification Polymerase Chain Reaction，連接介導的目標擴增聚合酶鏈反應)和TES(Target enrichment sequencing，靶向富集測序)體系，并基于此形成的多項全球lingxian的基因zhiliao安全性檢測技術。預算允許的情況下，通過全基因組測序的方法進行全基因組序列的分析和比對更精細，如基于NGS的iGUIDE方法。北京基因療法脫靶檢測方法

長期隨訪的觀察時間長期隨訪的持續(xù)時間應確保足以觀察到受試者因產(chǎn)品特性、暴露情況（生物分布和給藥途徑）等導致的風險，應不短于遲發(fā)性不良反應的預期發(fā)生時間。一般而言，針對不同類型的基因zhiliao產(chǎn)品建議如下：?具有基因組整合活性的載體（例如γ-逆轉錄病毒和慢病毒載體）和轉座子元件建議觀察不短于15年。?可以產(chǎn)生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風險的細菌或病毒載體（如單純皰疹病毒）建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風險（ganran或再jihuo）。基因編輯產(chǎn)品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風險。?腺相關病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風險。北京高精度脫靶檢測guide-sequence基因編輯脫靶檢測，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結果準確率高。

細胞外檢測方法：細胞外檢測方法較為直接，將基因組提純后進行CRISPR體外切割實驗，再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細胞外脫靶位點檢測方法，提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后，再經(jīng)過標準的全基因組測序流程獲得測序數(shù)據(jù)，之后需要較為復雜的生物信息學分析才能夠獲得CRISPR切割位點的信息?？傮w來講，這種方法測序成本較高，并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點，一般需要在建庫時定向捕獲CRISPR切割位點。SITE-seq就是這樣一種測序方法，提純的基因組DNA經(jīng)過Cas9/sgRNA切割后，在切割位點末端連接帶Biotin的接頭；再隨機打斷基因組，在另一端連接第二個接頭；經(jīng)過鏈霉親和素磁珠純化，只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序，實現(xiàn)了CRISPR切割位點的富集。該方法雖然提高了脫靶位點的檢測靈敏度，但有著較高的實驗要求，每次需要投入大量的基因組DNA，并且無法區(qū)分提純基因組DNA時發(fā)生的隨機斷裂和Cas9的切割，導致產(chǎn)出較為明顯的背景信號。同時，由于一輪Biotin接頭只會接在Cas9切割位點的一側，導致測序結果里只能看到脫靶位點一側的序列。

改進Cas變體使用SpCas9和SaCas9 變體：已研發(fā)出諸如SpCas9-Nickase、dCas9 、dCas9–FokI、xCas9、Cas9-NG、evoCas9、SpCas9 – HFI、eSpCas9和Hypa-Cas9等多種Cas變體，可降低脫靶效應。改進的Cas9同源物具有更廣的PAM功能和特異性：實驗表明Cpf1、CRISPR-Cpf1-RNP可降低脫靶效應。CRISPR 遞送方法：基于病毒的遞送方法：腺病毒 (AdV) 顯示出整合到靶細胞基因組中的微弱潛力，這一特征有利于限制脫靶效應。然而，AdVs 會引發(fā)免疫反應，目前還不能完全排除它與宿主基因組整合的可能性。非病毒遞送方法：當sgRNA和Cas9以RNP復合物形式傳遞時，電穿孔顯示植物原生質體中的脫靶突變數(shù)量很低。通過脂質體介導的轉染傳遞RNP復合物顯示，與質粒DNA轉染相比，脫靶突變的發(fā)生率較小。高深度全基因組重測序服務,該方法能多方位精細地對基因編輯的細胞或個體進行off-target檢測。

CIRCLE-Seq，將gDNA打斷并環(huán)化，環(huán)化的DNA與CRISPR/RNP孵育，NGS測序檢測線性化的DNapian段，確定脫靶位點。PCR富集后測序，成本相對較低，能檢測低頻脫靶突變。安必奇sgRNA脫靶效應評估，安必奇生物提供sgRNA脫靶效應評估服務，幫助您挑選高度特異，脫靶率低的sgRNA進行后續(xù)實驗。同時，我們也協(xié)助您檢測分析基因編輯后細胞樣品的脫靶情況，通過各種高通量測序檢測技術，我們能準確的分析全基因組范圍內的脫靶位點，推動CRISPR/Cas9技術在zhiliao藥物開發(fā)和臨床研究中的應用。我們的優(yōu)勢：靈敏度高：能檢測低頻脫靶突變★準確性高：檢測結果可通過實驗驗證★多種檢測方法可選擇以滿足不同的實驗需求基因編輯治療過程中安全性評價，即脫靶效應的檢測。脫靶檢測實驗室

隨著脫靶影響因素、降低策略及脫靶檢測技術研究的不斷深入，未來CRISPR/Cas9系統(tǒng)將在更多領域造福人類。北京基因療法脫靶檢測方法

Cas9蛋白是一種切割外來DNA的酶，像一把分子剪刀。該蛋白通常與兩個RNA分子結合：crRNA和另一個稱為tracrRNA（或“反式jihuocrRNA”）。這兩個RNA分子引導Cas9到它將進行切割的目標部位。這段DNA是與crRNA的20個核苷酸互補的。CRISPR技術是從細菌和古細菌的自然防御機制中改編而來的。這些生物體使用CRISPR衍生的RNA和各種Cas蛋白，包括Cas9，來阻止病毒和其他異物的攻擊。它們主要通過切碎和破壞外來入侵者的DNA來做到這一點。當這些組件被轉移到其他更復雜的生物體中時，它允許對基因進行操縱，或“編輯”。北京基因療法脫靶檢測方法