南京crispr/cas9脫靶檢測實驗室

CIRCLE-seq和CHANGE-seq與SITE-seq同期發(fā)表的CIRCLE-seq一定程度上解決了SITE-seq的一些問題。CIRCLE-seq的第一步是將純化后的基因組DNA隨機打斷成300bp左右的片段，然后首尾相連成環(huán)狀DNA，這種方法很好地避免了DNA隨機斷裂造成的背景噪聲。實驗的第二步是用Cas9切割環(huán)狀DNA，再連上接頭并進行雙端測序，這樣就可以在一次測序中同時獲取切割位點的兩側(cè)序列，彌補了SITE-seq的另一個缺點。CIRCLE-seq從總體上來說要優(yōu)于SITE-seq，但是將基因組DNA隨機打斷后成環(huán)的效率并不高，所以同一作者在3年后發(fā)表了CHANGE-seq，用Tn5一步法打斷基因組并加接頭，提高了成環(huán)效率，降低了起始基因組DNA的用量。脫靶檢測服務，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結(jié)果準確率高。南京crispr/cas9脫靶檢測實驗室

脫靶來自于這些技術所攜帶的功能基團，如堿基編輯的脫氨酶和先導編輯的逆轉(zhuǎn)錄酶，不依賴sgRNA結(jié)合基因組DNA的情況下產(chǎn)生的脫靶。為檢測第二類脫靶現(xiàn)象，研究者需要針對每種技術設計專門的檢測方法。1) R-loop seq在堿基編輯開發(fā)早期，雖然靶位點的編輯效率很高，但研究者也很快發(fā)現(xiàn)脫氨酶會在游離的時候隨機修飾暴露的DNA單鏈，導致大量的脫靶位點。為降低這類脫靶現(xiàn)象的發(fā)生，研究者設計了R-loop seq，以dSaCas9結(jié)合DNA形成R-loop，暴露出DNA單鏈，為堿基編輯的脫氨酶提供一個固定的脫靶位點，然后以該位點的編輯效率反映堿基編輯脫氨酶的脫靶程度。南通基因編輯技術脫靶檢測方法可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達,即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應。

TCR修飾免疫細胞的脫靶毒性可通過評估TCR與人體自身抗原肽的交叉識別能力來評估。首先，應采用體外試驗測定TCR修飾的免疫細胞與人自身抗原肽-HLA（與遞呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）復合物的親和力，并說明抗原肽的選擇依據(jù)及選擇范圍。此外，還應研究其他相關或不相關的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR與人自身抗原肽有交叉反應可能，應確定靶抗原肽的較小識別基序（motif），并采用計算機預測分析評估交叉反應性。如果計算機預測可識別出具有潛在交叉反應性的抗原肽，應在體外測定TCR修飾免疫細胞對表達相應蛋白或遞呈相應抗原肽的的細胞的識別能力。如果不能排除交叉反應性，應基于含有潛在交叉反應性抗原肽的蛋白的表達模式以及TCR與潛在交叉反應性抗原肽的親和力來進行風險評估。為獲得TCR與其他等位HLA潛在交叉反應性的信息，應進行充分的HLA交叉反應性篩選。對于TCR修飾的T細胞，還應關注引入TCR鏈和內(nèi)源性TCR之間的錯配可能性，應描述和說明旨在降低錯配可能性的TCR設計策略。

基于已有科學經(jīng)驗和既往非臨床/臨床研究結(jié)果，如果認為基因修飾細胞所采用的載體系統(tǒng)可將外源基因整合到細胞基因組中并可在體內(nèi)長期存續(xù)，需綜合分析以上風險因素，評估潛在的插入突變、致瘤/致性風險。非臨床研究，應采用具有代表性的基因轉(zhuǎn)導細胞進行基因整合位點分析，分析細胞的克隆組成以及在關注基因（如liu相關調(diào)控基因）附近有無優(yōu)先整合跡象，含有關注整合位點的細胞有無優(yōu)先異常增殖。對于嵌合抗原受體（Chimericantigenreceptor，CAR）或T細胞受體（Tcellreceptor，TCR）修飾的免疫細胞，應盡可能采用多種方法評估其靶點相關毒性和脫靶毒性風險。定量脫靶檢測，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結(jié)果準確率高。

gRNA的長度和錯配： 17個核苷酸長度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下，18-20 bp的長度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類細胞中減少潛在脫靶效應的指導方針：1) 應避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過3個錯配；2) 在PAM的12 bp內(nèi)，應避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應。gRNA的化學修飾：在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦酰基乙酸酯會導致位點特異性修飾，使脫靶切割減少40-120倍，同時保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構(gòu)的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性，降低脫靶效應?；蚓庉嫾夹g脫靶檢測，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結(jié)果準確率高。寧波定量脫靶檢測政策

如何降低脫靶效應？選擇特異的gRNA； 使用RNP； 使用eSpCas9的質(zhì)粒； 使用Nickase Cas9。南京crispr/cas9脫靶檢測實驗室

基因重排或重組。當基因zhiliao產(chǎn)品所用載體及其攜帶的基因發(fā)生復制時，可能出現(xiàn)非zhiliao目的非預期的基因表達或改變，或者與相應野生型或輔助病毒互補后產(chǎn)生回復突變或意外復制或形成6新的病毒。免疫原性。由于基因zhiliao產(chǎn)品在體內(nèi)的持續(xù)暴露或者需要多次給藥等情況，機體可能產(chǎn)生針對基因zhiliao載體或編碼的作用因子的免疫應答。由于基因zhiliao產(chǎn)品在靶細胞或組織中的表達時間、分布范圍或表達強度等差異，機體免疫應答的后果可能從不具有臨床意義的一過性的免疫反應，到針對靶細胞或組織的免疫攻擊，甚至產(chǎn)生嚴重危及生命的不良事件。南京crispr/cas9脫靶檢測實驗室