杭州高精度脫靶檢測(cè)政策

來源: 發(fā)布時(shí)間:2024-04-28

國(guó)內(nèi)外基因zhiliao產(chǎn)品開展的非臨床研究、長(zhǎng)期隨訪獲得的臨床經(jīng)驗(yàn)以及基因組整合位點(diǎn)分析方法的明顯改進(jìn),都有助于更好地理解整合性基因zhiliao載體相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)。通常認(rèn)為,很多能夠介導(dǎo)外源基因轉(zhuǎn)入細(xì)胞核的載體(如逆轉(zhuǎn)錄病毒載體、轉(zhuǎn)座子元件和基因編輯產(chǎn)品等)有基因組整合潛力,需要通過長(zhǎng)期隨訪觀察遲發(fā)性不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn);根據(jù)目前的認(rèn)識(shí)和研究數(shù)據(jù),質(zhì)粒、痘病毒、腺病毒和腺相關(guān)病毒(AAV)等載體的基因zhiliao產(chǎn)品整合風(fēng)險(xiǎn)較低,國(guó)際上開展的臨床試驗(yàn)中也表現(xiàn)出較低的遲發(fā)性不良反應(yīng)風(fēng)險(xiǎn)。當(dāng)載體或基因zhiliao產(chǎn)品原有的風(fēng)險(xiǎn)特征增加時(shí),例如經(jīng)過修飾以攜帶基因組編輯成分的質(zhì)?;蚋淖兘oyaofang式以提高整合能力等,需要提高對(duì)長(zhǎng)期隨訪觀察的要求;反之,也可以對(duì)目前認(rèn)為存在遲發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的基因zhiliao載體進(jìn)行修飾,以降低這些風(fēng)險(xiǎn)。針對(duì)已經(jīng)獲得的有切割能力的sgRNA,需要進(jìn)一步明確其體內(nèi)脫靶效應(yīng)。杭州高精度脫靶檢測(cè)政策

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CIRCLE-seq原理。細(xì)胞內(nèi)檢測(cè)方法由于提純的基因組已經(jīng)消化去除了組蛋白,結(jié)構(gòu)較細(xì)胞內(nèi)的染色質(zhì)更為松散,理論上容易找到更多的脫靶位點(diǎn)。為捕獲CRISPR在細(xì)胞內(nèi)工作時(shí)真實(shí)發(fā)生的脫靶切割,研究者們也設(shè)計(jì)了一些細(xì)胞內(nèi)的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法。1) Guide-seqCRISPR造成DNA雙鏈斷裂后,由于DNA修復(fù)機(jī)制的存在,斷裂處很快就會(huì)重新連接,這時(shí)候提純基因組DNA很難保留CRISPR造成的DNA斷裂位點(diǎn)。所以為了記錄細(xì)胞內(nèi)真實(shí)的CRISPR脫靶切割,研究者們?cè)O(shè)計(jì)了Guide-seq[10],利用NHEJ的DNA修復(fù)機(jī)制,將一段雙鏈短核苷酸序列(dsODN)連接到CRISPR造成的DNA雙鏈斷裂處,相當(dāng)于連接了一輪接頭,然后再正常打斷基因組,在另一側(cè)連接第二輪接頭。通過這種方式構(gòu)建的文庫(kù),就可以獲取脫靶位點(diǎn)一側(cè)的序列。雖然每次CRIPSR導(dǎo)致的DNA雙鏈斷裂并不一定都會(huì)連接dsODN,但反過來說,越容易連接dsODN的位點(diǎn),其發(fā)生脫靶切割的概率越高。通過Guide-seq找到的脫靶位點(diǎn)偏少,但一般都是可信度較高的脫靶位點(diǎn),Guide-seq也是目前比較公認(rèn)的一種脫靶檢測(cè)方法。蘇州定量脫靶檢測(cè)guide-sequence基因編輯技術(shù)脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。

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采用基因編輯技術(shù)制備的細(xì)胞產(chǎn)品。對(duì)于采用基因編輯技術(shù)制備的基因修飾細(xì)胞產(chǎn)品,應(yīng)進(jìn)行體外在靶和脫靶活性評(píng)估,以確認(rèn)修飾酶或向?qū)NA對(duì)靶基因序列的特異性。在評(píng)估基因編輯的脫靶風(fēng)險(xiǎn)時(shí),應(yīng)說明所選擇的評(píng)價(jià)策略的合理性和敏感性。雖然采用計(jì)算機(jī)分析預(yù)測(cè)基因編輯的潛在脫靶位點(diǎn),并對(duì)潛在脫靶位點(diǎn)進(jìn)行深度測(cè)序分析,可用于評(píng)估基因編輯的脫靶風(fēng)險(xiǎn);但選擇的評(píng)價(jià)策略仍應(yīng)包含體外全基因組測(cè)序比對(duì),以證明潛在脫靶位點(diǎn)未出現(xiàn)脫靶。此外,在評(píng)估脫靶活性時(shí),還應(yīng)評(píng)估種屬特異性的差異、細(xì)胞病理生理狀態(tài)的差異或細(xì)胞類型的差異對(duì)非臨床數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)性的影響。必要時(shí),還應(yīng)分析基因編輯對(duì)細(xì)胞表型和生理功能的潛在影響。

基因zhiliao產(chǎn)品特有的可能會(huì)引起遲發(fā)性不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)因素包括:基因組整合活性基因zhiliao產(chǎn)品可能會(huì)采用修飾宿主基因組的技術(shù),并有可能在宿主細(xì)胞或組織中持續(xù)存在。很多基因zhiliao載體的基因整合不會(huì)指向基因組的特定位點(diǎn),可能在整合位點(diǎn)處產(chǎn)生插入突變、或jihuo整合位點(diǎn)附近的原基因等,進(jìn)而破壞重要基因功能或增加惡性liu的風(fēng)險(xiǎn),例如,國(guó)外已有多項(xiàng)研究報(bào)告在接受了使用γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒載體轉(zhuǎn)導(dǎo)的基因修飾細(xì)胞zhiliao的受試者中發(fā)生白血病。因此,對(duì)于存在此類風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)品,有必要進(jìn)行長(zhǎng)期隨訪臨床研究以評(píng)估出現(xiàn)遲發(fā)不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)。脫靶檢測(cè)技術(shù),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。

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CRISPR基于sgRNA與基因組序列互補(bǔ)定位到靶位點(diǎn),不論哪種CRISPR系統(tǒng),都存在sgRNA序列不完全匹配但能夠結(jié)合基因組的脫靶現(xiàn)象,CRISPR定位到脫靶位點(diǎn)引發(fā)序列改變就屬于第二類風(fēng)險(xiǎn)。CRISPR技術(shù)誕生剛過10年,期間迅速取代TALEN和ZFN,成為學(xué)術(shù)界通用的基因編輯技術(shù),也徹底改變了我們的生物學(xué)研究方法。為提高CRISPR技術(shù)的安全性,特別是往臨床應(yīng)用發(fā)展時(shí)的安全性問題,研究者們一直以提高靶位點(diǎn)的編輯效率和準(zhǔn)確性,同時(shí)降低脫靶位點(diǎn)編輯發(fā)生概率為目標(biāo),來優(yōu)化CRISPR技術(shù)。另一方面,研究者們也開發(fā)了大量檢測(cè)方法,用于檢測(cè)CRISPR的靶向風(fēng)險(xiǎn)和脫靶風(fēng)險(xiǎn),用于早期sgRNA序列的篩選,以期望獲得一個(gè)較為安全的sgRNA。脫靶檢測(cè)安全性評(píng)價(jià),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。蘇州定量脫靶檢測(cè)guide-sequence

隨著脫靶影響因素、降低策略及脫靶檢測(cè)技術(shù)研究的不斷深入,未來CRISPR/Cas9系統(tǒng)將在更多領(lǐng)域造福人類。杭州高精度脫靶檢測(cè)政策

gRNA的長(zhǎng)度和錯(cuò)配: 17個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下,18-20 bp的長(zhǎng)度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類細(xì)胞中減少潛在脫靶效應(yīng)的指導(dǎo)方針:1) 應(yīng)避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過3個(gè)錯(cuò)配;2) 在PAM的12 bp內(nèi),應(yīng)避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應(yīng)。gRNA的化學(xué)修飾:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦酰基乙酸酯會(huì)導(dǎo)致位點(diǎn)特異性修飾,使脫靶切割減少40-120倍,同時(shí)保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構(gòu)的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性,降低脫靶效應(yīng)。杭州高精度脫靶檢測(cè)政策