circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′ 帽子結(jié)構(gòu)和3′ poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物，用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫(kù)后，設(shè)計(jì)特異性引物與rRNA形成文庫(kù)結(jié)合，一輪退火延伸，rRNA文庫(kù)形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點(diǎn)，當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點(diǎn)被識(shí)別，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫(kù)不帶有完整的接頭，而其他文庫(kù)帶有完整接頭，通過PCR擴(kuò)增富積既能得到想要的信息，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣，包含分子標(biāo)簽，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點(diǎn)。杭州宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組研究轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序有什么樣的樣品要求？（1）樣品純度要求：OD值應(yīng)在1.8至2.2之間；電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。（2）樣品濃度：totalRNA濃度不低于400ng/μg。（3）totalRNA樣品請(qǐng)置于-20℃保存；請(qǐng)?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積、制備時(shí)間、溶劑名稱及物種來源。請(qǐng)同時(shí)附上QC數(shù)據(jù)，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)。（4）樣品請(qǐng)置于1.5ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運(yùn)輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn)，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征。
轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）主要通過高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對(duì)相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測(cè)序成本的下降，RNA-seq的運(yùn)用愈來愈普遍。轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。在早期，由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)、RNA測(cè)序技術(shù)其中。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)