DNA病毒基因組的測序:動物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導下一步的研究,傳統(tǒng)的sanger測序需要了解序列、設計引物、做很多PCR,往往效率很低,而NGS作為一種無需特異性引物擴增的測序方式,可以直接從DNA中獲得序列。DNA病毒基因組測序:如果,1,您的目的是:獲得一種指定DNA病毒盡量完整的序列;2,您可以提供該病毒的中英文名稱;3,您了解樣本中病毒的載量情況、培養(yǎng)狀況、ct值等任一信息。那么,探普為你準備了完整的下單、樣本準備方法,經(jīng)過探普的實驗、測序、分析,你將獲得:1,1-5Gb測序數(shù)據(jù)量rawdata;2,一般可獲得95%以上的拼接序列,100kb以上大基因組病毒除外;其他特殊要求如:突變分析、進化分析都可直接與技術支持聯(lián)系。病毒全基因組測序定使人類從根本上認知疾病發(fā)生的原因,做到正確的調整疾病和盡早的預防疾病。RNA全基因組測序分析服務
未培養(yǎng)病毒基因組的標準:①關于未培養(yǎng)病毒基因組標準的信息是在基因組標準框架內制定的,包括病毒起源、基因組質量、基因組注釋、分類信息、生物地理分布和宿主預測;②UViGs有助于提高我們對病毒進化歷史和病毒-宿主之間相互作用的理解;③病毒基因組組成和內容、復制策略和宿主的異常多樣性意味著UViGs的完整性、質量、分類學和生態(tài)學需要通過病毒特異性指標來評估;④分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對于探索病毒基因組序列空白是有價值的。河北全基因組測序服務對病毒全基因組進行測序,是利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因組序列。
探普生物進行病毒基因組測序的流程:在探普生物進行病毒基因組測序非常簡單,簡而言之,客戶只需要說清楚樣品情況,準備樣品即可,其他事宜都由探普來進行安排。大致流程如下:1)與銷售人員溝通項目需求和樣本情況;2)探普生物工作人員擬定項目合同,雙方協(xié)商合同內容后簽字蓋章;3)按樣本準備指南準備好樣本,填寫信息單后通知銷售人員預訂干冰,安排樣本寄運輸;4)客戶支付項目啟動款,探普生物啟動項目實驗和分析并提供測序報告;5)客戶支付項目尾款,探普生物提交測序數(shù)據(jù)和分析結果;6)售后問題處理,項目結題。
全基因組測序要注意的事項:全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。技術路線:提取基因組DNA,然后隨機打斷,電泳回收所需長度的DNA的片段(0.2~5Kb),加上接頭,進行DNA簇(Cluster)制備,后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig,通過Paired-End的距離可進一步組裝成Scaffold,進而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質量等有關。常用的組裝有:SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度(Sequencingdepth)是指測序得到的堿基總量(bp)與基因組大小的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體,如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案,當測序深度在50X~100X以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證,后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準確。Sanger測序準確度高,讀長很長。
病毒全基因組測序定:測序深度,測序得到的堿基總量(bp)與基因組大?。℅enome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度(SequencingDepth):測序得到的堿基總量(bp)與基因組大?。℅enome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。重測序的個體,如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案,當測序深度在10~15X以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。病毒全基因組測序具有的特點:無需培養(yǎng)和特異性擴增,對采集臨床樣本直接檢測。DNA二代測序突變分析技術
深度測序數(shù)據(jù)是生物醫(yī)學領域數(shù)量增加快、應用廣的數(shù)據(jù)。RNA全基因組測序分析服務
RNA/DNA病毒測序對病毒基因組進行測序是快速了解病毒突變、毒力變化、病毒型別的有效方法??梢愿鶕?jù)病毒基因組大小和類型,采用PCR、RT-PCR或shotgun測序法,對病毒的部分或全長基因組測序,結果準確可靠。服務標準:測出的序列準確性在99%以上;病毒全基因組測序測出序列在總基因組大小95%以上;數(shù)小于5個;Shotgun測序的覆蓋度在6以上;PCR和RT-PCR測序達到2。服務說明:1、提供病毒DNA或RNA作為樣品。2、PCR測序的DNA樣品總量大于5μg,濃度大于20ng/μl。DNA無降解。3、Shotgun測序法的DNA樣品總量大于20μg,濃度大于100ng/μl。DNA無降解。4、用RT-PCR和PCR測序法在提供參考序列時需同時提交樣品部分序列與參考序列的比對文件,確保同源性在95%以上。RNA全基因組測序分析服務
上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務型的公司。公司業(yè)務分為病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定等,目前不斷進行創(chuàng)新和服務改進,為客戶提供良好的產品和服務。公司從事醫(yī)藥健康多年,有著創(chuàng)新的設計、強大的技術,還有一批**的專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產品及服務。上海探普生物立足于全國市場,依托強大的研發(fā)實力,融合前沿的技術理念,飛快響應客戶的變化需求。