病毒是由一種核酸分子（DNA或RNA）與蛋白質(zhì)（Protein）構(gòu)成或只由蛋白質(zhì)構(gòu)成（如朊病毒）。根據(jù)遺傳物質(zhì)的組成，可分為單鏈DNA病毒（ssDNA）、雙鏈DNA病毒（dsDNA）、單鏈RNA病毒（ssRNA）、雙鏈RNA病毒（dsRNA）和蛋白質(zhì)病毒（如朊病毒）。根據(jù)宿主類型的不同，可以分為噬菌體（細(xì)菌病毒）、植物病毒（煙花葉病毒）和動(dòng)物病毒（如禽流感病毒、天花病毒和HIV等）。病毒全基因組測(cè)序（VirusWholeGenomeSequencing，VWGS），是指基于第二代高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)病毒全基因組進(jìn)行測(cè)序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因組序列，解析編碼信息，并獲得相應(yīng)的變異信息。病毒全基因組測(cè)序產(chǎn)品特點(diǎn)：樣本的所有病原信息一網(wǎng)打盡。四川高通量測(cè)序診斷
深度測(cè)序數(shù)據(jù)：目前深度測(cè)序數(shù)據(jù)是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域數(shù)量增加快、應(yīng)用廣的數(shù)據(jù)，對(duì)這些數(shù)據(jù)的管理、分析和應(yīng)用給生物信息學(xué)帶來(lái)了巨大的挑戰(zhàn)。早期的測(cè)序技術(shù)是“測(cè)定沒(méi)有計(jì)算快”，下一代測(cè)序技術(shù)發(fā)展以來(lái)，變?yōu)槿缃竦摹坝?jì)算沒(méi)有測(cè)定快”。深度測(cè)序數(shù)據(jù)的迅猛增長(zhǎng)使得數(shù)據(jù)科學(xué)分析方面的人才十分缺乏，深度測(cè)序和大數(shù)據(jù)處理都是新生事物，將深度測(cè)序數(shù)據(jù)應(yīng)用到臨床更需要數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)、計(jì)算機(jī)和生物、臨床醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的多學(xué)科交叉的高級(jí)人才。測(cè)序深度是測(cè)序量除以基因組長(zhǎng)度,例如測(cè)序深度10*就相當(dāng)于測(cè)了10次的全基因組。四川高通量測(cè)序診斷病毒全基因組測(cè)序產(chǎn)品特點(diǎn)：基于PCR技術(shù)和抗原抗體技術(shù)的售后驗(yàn)證平臺(tái)。
發(fā)現(xiàn)病例的要盡快對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序的原因是：通過(guò)對(duì)病毒全基因組高通量測(cè)序可以在較短時(shí)間內(nèi)獲取病毒的全部基因信息，解釋病毒的來(lái)源、傳播、變異演化等科學(xué)問(wèn)題，為后續(xù)流行病學(xué)調(diào)查指明方向，為相關(guān)病例的追蹤溯源提供重要依據(jù)，目前對(duì)病毒溯源分型主要檢測(cè)手段就是高通量測(cè)序技術(shù)。高通量測(cè)序技術(shù)如何進(jìn)行病毒溯源？先對(duì)獲得的早期病例標(biāo)本開(kāi)展病毒全基因組高通量序列測(cè)定，通過(guò)與本地流行病毒及全球其他地區(qū)測(cè)定過(guò)序列的病毒比較，如果該病例傳染的病毒在基因組上和北美流行株更接近，比如在全長(zhǎng)接近3萬(wàn)個(gè)堿基的序列上，兩者只相差幾個(gè)堿基，相似度為99%以上，這就是為我們推斷該病例攜帶病毒為北美流行株提供依據(jù)。
病毒全基因組測(cè)序定：探普生物對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序的實(shí)驗(yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。樣本經(jīng)過(guò)核酸純化-文庫(kù)構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門(mén)針對(duì)性的核酸純化樣本指南，以提高目的物種的核酸純度和得率，與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫(kù)構(gòu)建環(huán)節(jié)，樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點(diǎn)。探普生物專門(mén)針對(duì)這一點(diǎn)開(kāi)發(fā)了超微量核酸文庫(kù)構(gòu)建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測(cè)序文庫(kù)。第三，生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫(kù)，搭載了專門(mén)用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。高通量測(cè)序能否定向檢測(cè)細(xì)菌病毒等微生物?
全基因組測(cè)序要注意的事項(xiàng)：全基因組測(cè)序是對(duì)未知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體的基因組測(cè)序。技術(shù)路線：提取基因組DNA，然后隨機(jī)打斷，電泳回收所需長(zhǎng)度的DNA的片段（0.2~5Kb），加上接頭,進(jìn)行DNA簇（Cluster）制備，后利用Paired-End（Solexa）或者M(jìn)ate-Pair（SOLiD）的方法對(duì)插入片段進(jìn)行測(cè)序。然后對(duì)測(cè)得的序列組裝成Contig，通過(guò)Paired-End的距離可進(jìn)一步組裝成Scaffold，進(jìn)而可組裝成染色體等。組裝效果與測(cè)序深度與覆蓋度、測(cè)序質(zhì)量等有關(guān)。常用的組裝有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測(cè)序深度（Sequencingdepth）是指測(cè)序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評(píng)價(jià)測(cè)序量的指標(biāo)之一。測(cè)序深度與基因組覆蓋度之間是一個(gè)正相關(guān)的關(guān)系，測(cè)序帶來(lái)的錯(cuò)誤率或假陽(yáng)性結(jié)果會(huì)隨著測(cè)序深度的提升而下降。測(cè)序的個(gè)體，如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案，當(dāng)測(cè)序深度在50X~100X以上時(shí)，基因組覆蓋度和測(cè)序錯(cuò)誤率控制均得以保證，后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準(zhǔn)確。病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn)：不預(yù)設(shè)目標(biāo)檢出物，樣本的所有病原信息一網(wǎng)打盡。四川高通量測(cè)序診斷
Sanger測(cè)序準(zhǔn)確度高，讀長(zhǎng)很長(zhǎng)。四川高通量測(cè)序診斷
病毒基因組測(cè)序是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測(cè)序以及對(duì)應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測(cè)序相比，NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個(gè)小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列，測(cè)序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大，其序列拼接難度也隨之增加。而且對(duì)于低濃度高復(fù)雜度的樣本，研究者除了PCR外別無(wú)他法。而PCR方法往往具有偏好性，丟失的片段將為序列組裝帶來(lái)非常高的失敗率。對(duì)于完全未知的樣本，無(wú)法通過(guò)PCR進(jìn)行富集，要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法，逐個(gè)嘗試，工作量之大，其效率之低，使得一個(gè)新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。四川高通量測(cè)序診斷
上海探普生物科技有限公司總部位于放鶴路1088號(hào)6號(hào)樓307，是一家從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、易制毒化學(xué)品），實(shí)驗(yàn)室設(shè)備，計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備，電子產(chǎn)品銷售，計(jì)算機(jī)軟件開(kāi)發(fā)及維護(hù)，計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。的公司。上海探普生物作為從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、易制毒化學(xué)品），實(shí)驗(yàn)室設(shè)備，計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備，電子產(chǎn)品銷售，計(jì)算機(jī)軟件開(kāi)發(fā)及維護(hù)，計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。的企業(yè)之一，為客戶提供良好的病毒測(cè)序，病毒全基因組測(cè)序，病毒宏基因組測(cè)序，未知病原鑒定。上海探普生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路，既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng)，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域，實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。上海探普生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng)，以敏銳的市場(chǎng)洞察力，實(shí)現(xiàn)與客戶的成長(zhǎng)共贏。