哪些應用場景需要對病毒的全基因組進行測序?在探普生物長時間運行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進行測序項目有比較豐富的應用場景。先,從事基因進化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經費,同時能達到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進行流行病學監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應課題組,可能需要對病毒的全基因組進行測序以后,結合其他上下游的研究數據,達到研究或者監(jiān)測疫病的目的。病毒全基因組測序具有的特點:不預設目標檢出物,樣本的所有病原信息一網打盡。深圳深度測序分析方法
目前對我國首例輸入性裂谷熱病例病毒進行全基因組測定,分析其進化來源及潛在變異.方法提取樣本核酸,非特異性反轉錄擴增病毒基因組RNA,使用IonTorrent二代測序儀進行病毒全基因組測定.對獲得的基因組數據進行序列拼接、比對、進化樹構建和關鍵位點分析.結果通過測定獲得了病毒全基因組11979nt,該測定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度較高(>98%)。病毒Gn蛋白C端信號肽區(qū)存在1個氨基酸突變.結論本研究分析測定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現明顯變異。深度測序分析上哪找探普生物獨有的實驗和分析流程,可兼容高復雜度,低濃度的病毒核酸。
未培養(yǎng)病毒基因組的信息標準:①關于未培養(yǎng)病毒基因組標準的信息是在基因組標準框架內制定的,包括病毒起源、基因組質量、基因組注釋、分類信息、生物地理分布和宿主預測;②UViGs有助于提高我們對病毒進化歷史和病毒-宿主之間相互作用的理解;③病毒基因組組成和內容、復制策略和宿主的異常多樣性意味著UViGs的完整性、質量、分類學和生態(tài)學需要通過病毒特異性指標來評估;④分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對于探索病毒基因組序列空白是有價值的。
深度測序技術對科學研究范式相關影響表現在:個性化醫(yī)學、P4醫(yī)學和準確醫(yī)學等研究范式都是在近幾年深度測序技術迅猛發(fā)展的基礎上提出的。個人基因組測定的可行性,使得大眾有可能測定和分析自己的基因組、尋找到個人健康相關的基因風險因素,從而可以在生活習慣、飲食等方面提早進行個性化預測和預防。由于互聯(lián)網的發(fā)展和即時檢驗技術(point-of-care-testing,POCT)的應用,人們可以通過網絡進行交流和參與到整個診療過程,這便是P4醫(yī)學的概念:預測性(predictive)、預防性(preventive)、個性化(personalized)及參與性(participatory)。病毒全基因組測序產品特點:樣本的所有病原信息一網打盡。
高通量測序技術又稱“下一代“測序技術或深度測序技術,可以一次性對幾十萬至幾百萬條DNA分子進行序列測定。現已普遍應用在基因組測序、基因表達分析、非編碼小分子RNA鑒定、轉錄因子靶基因篩選及DNA甲基化等相關的研究領域。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。探普生物病毒測序具備商務流程通暢的優(yōu)點。DNA高通量測序分析多少錢
在探普生物進行病毒基因組測序非常簡單。深圳深度測序分析方法
深度測序與個性化醫(yī)學的范式相比,P4醫(yī)學更強調早期預測和預防,強調對患者了解的系統(tǒng)性和參與性。準確醫(yī)學的概念則是在基因測序普及的基礎上,將整個個體的各種信息如生理信息(通過可穿戴設備可以即時監(jiān)控和收集到)和腸道菌群變化、各種組學信息(深度測序測定)整合,進行準確的疾病分型、調整和預防。隨著老年化時代的到來及臨床資源的限制,基于這三種范式的健康管理和準確診療將成為生物醫(yī)學研究與應用的基本范式,走向大眾生活,正如當年的計算機發(fā)展歷程一樣,會從原來的大型機器演變成可移動的小型工具。醫(yī)學與健康的將來也會隨著深度測序的普及和生物信息學數據處理能力的大幅度提高,而進入個性化的大眾管理時代。深圳深度測序分析方法