Single Cell Sequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測(cè)序技術(shù)(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一個(gè)單個(gè)細(xì)胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細(xì)胞間的細(xì)胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問(wèn)題來(lái)了,如何獲得單個(gè)細(xì)胞?如果無(wú)法獲得單個(gè)細(xì)胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個(gè)細(xì)胞?單個(gè)組織細(xì)胞群體通常在百萬(wàn)級(jí)別以上,如果被檢測(cè)的測(cè)序細(xì)胞數(shù)量過(guò)小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個(gè)細(xì)胞?單細(xì)胞測(cè)序成本非常高,尤其是需要測(cè)2000~3000個(gè)以上的細(xì)胞的時(shí)候,如果單個(gè)細(xì)胞的分選成本也很高,技術(shù)根本無(wú)法普及。所以,正因?yàn)檫@些問(wèn)題的存在使得高通量測(cè)序在單個(gè)細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用中的普及度一直不足,直到幾個(gè)單細(xì)胞測(cè)序突破性技術(shù)的誕生。搭配BD FACSMelody流式分選儀,全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。杭州single cell 單細(xì)胞平臺(tái)
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中,并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。江蘇BD VDJ單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息;助力醫(yī)療健康時(shí)代!
從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析,越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過(guò)單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫(kù)序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。
為什么需要單細(xì)胞分辨率? 生物學(xué)就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜,有許多獨(dú)特的單體,也就是細(xì)胞。這些細(xì)胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動(dòng)多個(gè)過(guò)程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發(fā)現(xiàn)和定義這些細(xì)胞也需要高分辨率的工具,才能解開(kāi)促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達(dá)異質(zhì)性。單細(xì)胞測(cè)序能夠在以一個(gè)細(xì)胞為功能單位中開(kāi)展生物學(xué)研究,闡明具體細(xì)節(jié),構(gòu)建出一幅更大、更精細(xì)的圖譜,說(shuō)明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細(xì)胞之間是如何相互作用的:患者為什么會(huì)復(fù)發(fā)?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問(wèn)題。烈冰科技已建立了多種國(guó)際和國(guó)內(nèi)主流的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)平臺(tái)和自主研發(fā)國(guó)產(chǎn)化實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。
烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)體系,不僅提供10X Genomics和BD Rhapsody兩大國(guó)際認(rèn)可的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái),在“附加”產(chǎn)品上,我們提供BD FACS Melody流式細(xì)胞儀,滿足您對(duì)特殊細(xì)胞類型的富集需求,自主研發(fā)的Panocell單細(xì)胞捕獲芯片,可兼容BD 平臺(tái)全套原裝磁珠、試劑和protocol,為您提供完整的單細(xì)胞多組學(xué)解決方案。從細(xì)胞多樣本分析和染色所需的試劑到檢測(cè)試劑盒,生物信息分析工具,和在線大數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)、精簡(jiǎn)方案和專業(yè)團(tuán)隊(duì)技術(shù)支持,烈冰生物可為您提供用于單細(xì)胞多組學(xué)甚至到空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的各種工具,助您加速科研探索之旅。自2019年起,烈冰生物BD單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)已助力發(fā)表近20篇一區(qū)CNS高分文章。青島scRNA單細(xì)胞平臺(tái)
對(duì)于消化背景雜,樣本初始數(shù)量少,關(guān)注粒細(xì)胞的項(xiàng)目,推薦您使用烈冰BD 單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。杭州single cell 單細(xì)胞平臺(tái)
科研的魅力之處,在于無(wú)窮盡的探尋生命的本底,通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序,我們對(duì)組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級(jí)到深層,并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致,那么不禁要問(wèn)一句,組織的空間位置到底重不重要?空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征,細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過(guò)程。因此時(shí)間和空間即像組織的AB面,而不可否認(rèn)的是,此時(shí)空間坐標(biāo)的記錄,像一個(gè)還未長(zhǎng)大的娃娃,雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層,但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個(gè)高峰。杭州single cell 單細(xì)胞平臺(tái)
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