江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個復(fù)雜的過程，其中動態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對這種微觀變化的時間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖?？臻g轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析軟件開發(fā)語言統(tǒng)計情況。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴(kuò)增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針。基于ISS技術(shù)的優(yōu)勢包括：單細(xì)胞分辨率、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點是：檢測效率較低。天津什么是空間轉(zhuǎn)錄組如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢？

和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進(jìn)行滲透，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細(xì)胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此，你可以在一個單一的實驗中進(jìn)行新分析。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進(jìn)展，相信在接下來的時間里，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供詳實的每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息，但是缺失了來源組織的空間組成信息?，F(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供了完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個左右細(xì)胞）。因此，這兩個技術(shù)的存在是天然互補(bǔ)的，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成，完美結(jié)合?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時需要保證獲取組織基因表達(dá)信息。海南什么是空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù)。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

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