為了更好地了解DON對C2C12細胞分化的影響，作者進行了轉錄組學和蛋白質(zhì)組學的整合分析。共鑒定了149個共同的***差異基因（co-DEG），其中91%被共下調(diào)（圖3A）。15%的co-DEG屬于真核細胞骨架，其中大部分屬于肌動蛋白絲，少數(shù)是中間絲和微管的成分。對co-DEG進行GO分析，生物學過程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“快肌纖維收縮的正向調(diào)節(jié)”條目。細胞組分中富集的**個條目是“纖維蛋白原復合物”、“細胞外空間”、“細胞外基質(zhì)”、“細胞外區(qū)域”和“蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)”，這些都是細胞外成分（圖3B）。結果表明，DON主要影響肌肉成分的組成和功能以及多種細胞外成分的表達。通路富集分析富集到了“ECM-受體相互作用”、“蛋白質(zhì)消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘著斑”等通路。label free蛋白組學蛋白質(zhì)組學原理。上海蛋白組學測序和轉錄組測序
轉錄組學和蛋白質(zhì)組學分析作者通過轉錄組學和蛋白質(zhì)組學分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因（DEG）。轉錄組學鑒定了2387個DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學鑒定出402個DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉錄組學DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉運”等生物學過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關，而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關，這與轉錄組學結果一致。北京蛋白組學tmt報告解讀修飾蛋白質(zhì)組試劑及服務，蛋白質(zhì)組學解決方案。
iTRAQ蛋白質(zhì)組學研究實用案例：2021年8月，浙江大學藥學院何俏軍、羅沛華團隊在Autophagy期刊發(fā)表了題為“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通過動物模型、功能實驗、iTRAQ蛋白質(zhì)組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)了舒尼替尼誘導的自噬導致心肌細胞凋亡和心臟功能障礙，探究了舒尼替尼誘導的適應不良自噬通過TOLLIP介導的內(nèi)體相關通路選擇性降解心肌細胞存活介質(zhì)CCN2的機理，揭示了調(diào)節(jié)心肌細胞死亡的自噬降解新靶標蛋白。為提高基于舒尼替尼的*****安全性提供了方法及理論依據(jù)。中文標題：CCN2的自噬降解導致舒尼替尼的心臟毒性研究對象：小鼠發(fā)表期刊：Autophagy影響因子：16.016發(fā)表時間：2021年8月合作單位：浙江大學藥學院運用生物技術：iTRAQ蛋白質(zhì)組學(由鹿明生物提供技術支持)
DIA蛋白組學：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發(fā)病率低，表現(xiàn)形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫(yī)藥大學課題組在J Proteomics.期刊發(fā)表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過DIA蛋白組學研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質(zhì)組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標志物。同時作者發(fā)現(xiàn)補體系統(tǒng)抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達上調(diào)，這可能在SAPHO綜合征的發(fā)病機制中發(fā)揮重要作用。蛋白驗證新技術-PRM,平行反應監(jiān)視蛋白組學。
單細胞蛋白組學研究方法：2020年9月，加州大學的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發(fā)表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果，通過單細胞蛋白組學研究方法，分析正常人近端腎小管和腎小球區(qū)域的腎臟細胞，研究為解開急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細胞功能擾動提供依據(jù)。中文標題：正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細胞蛋白質(zhì)組學分析研究對象：人體腎臟組織發(fā)表期刊：FrontiersinMedicine影響因子：5.091發(fā)表時間：2020年9月運用重點組學技術：單細胞蛋白質(zhì)組學技術蛋白組學檢測一個樣多少錢。安徽什么是蛋白組學
蛋白質(zhì)組與代謝組聯(lián)合分析。上海蛋白組學測序和轉錄組測序
作者進行了綜合分析，將蛋白組學和代謝組學中的***生物標志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結合蛋白質(zhì)和代謝標志物來預測DKD狀態(tài)。五種機器學習模型表明，組合模型提高了DKD預測的準確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結果。總的來說，組合多組學標志物模型是一種強有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學結果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進展的潛在生物標志物。2.代謝組學結果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預測DKD的**標志物。3.蛋白組學和代謝組學的組合可以提高預測和診斷DKD的準確性和穩(wěn)定性。血清綜合組學的生物標志物可用于DKD的預警和診斷。該研究為優(yōu)化DKD的管理提供了數(shù)據(jù)資源。上海蛋白組學測序和轉錄組測序
上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康，擁有一支專業(yè)技術團隊和良好的市場口碑。公司自成立以來，以質(zhì)量為發(fā)展，讓匠心彌散在每個細節(jié)，公司旗下科研服務，科研檢測，學術研究，技術咨詢深受客戶的喜愛。公司秉持誠信為本的經(jīng)營理念，在醫(yī)藥健康深耕多年，以技術為先導，以自主產(chǎn)品為重點，發(fā)揮人才優(yōu)勢，打造醫(yī)藥健康良好品牌。歐易生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務、眾多的成功案例積累起來的聲譽和口碑，讓企業(yè)發(fā)展再上新高。