上海一體化數字PCR分析應用

來源: 發(fā)布時間:2023-01-11

對于檢測需要高靈敏度以及技術確認的情況下,數字PCR技術也可以發(fā)揮重要作用。技術數據表明,數字PCR技術對的比較低檢測下限可到2copies/ml,比qPCR靈敏度提升了100倍。經測試,數字PCR在檢測和診斷的某些方面優(yōu)于金標準qPCR,尤其是在低病毒載量樣本中,相比起qPCR,數字PCR特異性、靈敏度、重現(xiàn)性和檢測限受影響更小。因此,未來預計數字PCR技術也將在類疾病中得到更加廣的應用。數字PCR的應用甚廣,除了可應用于進行突變的檢測以外,也可運用于基因擴增的檢測。通過數字PCR技術可建立多重熒光體系,用于同時檢測比如非小細胞肺中常見的MET和HER2耐藥擴增。有研究報道,使用數字PCR技術對436例非小細胞肺樣品進行檢測,并挑選樣本驗證了數字PCR與RNA fish的檢測一致性。結果表明,該數字PCR技術在保證了基因擴增檢測準確性的同時,還節(jié)約了檢測時間。dPCR被稱作第三代PCR技術,但dPCR技術的廣泛應用逐漸顯現(xiàn)出一些不足之處。上海一體化數字PCR分析應用

作為時下的熱點技術,數字PCR是將核酸樣品分配到大量單獨、平行的微反應單元(nL,納升級別)中,使得每個反應單元中盡可能含有1個模板分子,并在此基礎上進行擴增、檢測和分布統(tǒng)計,從而實現(xiàn)靶標分子的比較 計數。(圖:數字PCR技術原理)根據微反應單元的不同形式,數字PCR產品可分為微板式、微滴式和芯片式等。目前,市場上主要的數字PCR產品主要是基于微滴式和芯片式,如Bio-Rad公司的QX200微滴式系統(tǒng)和ThermoFisher公司的QuantStudio系統(tǒng)等。與一、二代PCR技術相比,數字PCR具有很多優(yōu)勢:一是特異性、靈敏性均有顯著提高;二是在不依賴內參和標準曲線的前提下,可直接得到比較 量化指標;三是微反應單元相互獨立、封閉,避免了PCR抑制劑及不同核酸分子擴增產物間的相互干擾,準確度和可重復性較高。蘇州微滴式數字PCR熒光通道數字PCR是直接數出DNA分子的個數,是對起始樣品的定量。

引物設計(DesignPrimers):引物長度(PrimerLength):18-25個堿基之間。短的引物更易于同靶序列結合,但過短的引物也更可能同基因組上的多個區(qū)域相結合而產生非特異性擴增產物。更長的引物會提高同靶序列結合的特異性,但過長的引物(>30bp)同靶序列結合速度變慢,降低結合率。引物長度和組成直接影響引物Tm值(PrimerMeltingTemperature)和退火溫度(AnnealingTemperatures)。引物的組成——GC%含量(GCContent):指引物總堿基中G和C堿基數量的百分比,該值應在40-60%之間。如果模板序列的GC含量較高,推薦使用較高Tm值的引物。

Drop-off實驗包括兩個針對相同擴增子的TaqMan探針:與野生型序列互補而與突變位點不發(fā)生互補的Drop-off探針和與突變型和野生型基因都互補的Reference探針(如圖1A)。在野生型等位基因的存在下,Drop-off探針和Reference探針都將與目標雜交,產生雙重陽性信號(如圖1B,藍色群)。相反,如果存在突變的等位基因,即使一個核苷酸的突變也會阻止Drop-off探針與之雜交,因此只有Reference探針對目標基因進行退火,從而得到一個陽性信號。相同模板進行 96 次擴增,終點處產物量不恒定,但 Ct 值卻極具重現(xiàn)性。

在使用dPCR進行轉基因檢測時,通常直接參照qPCR的方法。使用不同技術對相同樣品檢測時,兩種方法的靈敏度是否具有可比性成為關注的問題。Burns等21]使用Fluidigm公司的12.765(12板,每板765個微單元)芯片數字PCR分析儀測定標準物質ERM-AD413檢測轉基因玉米MON810。該小組應用dPCR技術評估在qPCR定義下的靈敏度數值,在拷貝數200-700之間,dPCR與qPCR的測量結果具有一致性。但與qPCR的靈敏度相比,dPCR在低于拷貝數200時有被低估的風險,在高于拷貝數1000時有被高估的風險。dPCR在同一陣列上同時測量轉基因和內源性靶點時,需要稀釋內源性靶點和轉基因靶點在合理拷貝數范圍內以保證dPCR測量結果的準確性。臻準推出新款數字PCR產品:AccuONE2.0數字PCR系統(tǒng)。上海一體化數字PCR分析應用

數字PCR主要采用當前分析化學熱門研究領域的微流控或微滴化方法。上海一體化數字PCR分析應用

全自動樣本制備系統(tǒng)DMX-1000配備氣流發(fā)生裝置和氣壓控制裝置,能夠實現(xiàn)高精度壓力控制,結合**產品液滴生成芯片和微流控乳液滴生成技術,DMX-1000可以在70秒內快速、穩(wěn)定、高效地生成大小均一的微乳液滴。微滴數量可達2萬-60萬個,粒徑范圍30-120μm,性能穩(wěn)定。除此之外,銳訊還提供微流控芯片的定制服務,以滿足不同的液滴數目和尺寸要求。平板式快速擴增儀TC-1000,不再使用傳統(tǒng)的96孔板,而是特制的液滴擴增芯片;不再是傳統(tǒng)的“燒開水”加熱模式,代之以平板式單液滴層均勻受熱的方式。在這樣的改進之下,TC-1000完成40個PCR循環(huán)只需約45分鐘(TC-2.0升級版更是把時間縮短到了25分鐘?。?,大幅縮短了等待時間,提升了實驗進度。這對實驗人員而言,無疑是莫大的福利——高效完成工作,不加班——愛工作,也愛生活。上海一體化數字PCR分析應用

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