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GC-MS非靶向與代謝組學的關系?代謝組學是運用多種技術手段,研究生物體系中小分子代謝物(包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂質(zhì)等)的種類、數(shù)量及變化規(guī)律的科學,是系統(tǒng)生物學的重要組成部分。其中GC-MS非靶向代謝組學是對生物體內(nèi)源性代謝物進行系統(tǒng)全方面的分析平臺。氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(GC-MS)技術因為其較為成熟、分辨率高、靈敏度高、重現(xiàn)性好,擁有大量標準質(zhì)譜圖數(shù)據(jù)庫的特點,被大量地運用在植物、動物、微生物的研究中。隨著信息科學和分析技術的發(fā)展,運用GC-MS非靶向代謝組學研究疾病機制和發(fā)現(xiàn)藥物靶點的方法日趨成熟,其重要性也日益凸顯。GC-MS非靶向代謝組學也在代謝性疾病等藥物靶點、疾病機制研究和藥物靶點發(fā)現(xiàn)中提供重要參考和啟示。代謝組學技術可應用于藥物毒理學。貴州個性化定制靶向代謝組學服務
代謝組學疾病診斷應用: 代謝組學研究人員已經(jīng)對此進行了研究。新生兒是否缺失酶基因,可以在出生時就檢測出來。可檢測出包括涉及合成途徑中的基本成分(如氨基酸)的酶。酶缺失的結果就是相應的代謝產(chǎn)物過少或過多。尿癥(PKU)是一種常見的嬰兒疾病。這種疾病是由于缺失將苯丙氨酸水解成酪氨酸所必須的苯丙氨酸水解酶基因,導致血液中苯丙氨酸累積造成的。若是不能及時檢測出這種天生的代謝缺乏,在嬰兒出生后九個月內(nèi),就會引起無法挽救的大腦損傷。這種疾病通過簡單的血樣和尿素化驗就可以確診。而血樣和尿素化驗以后也將成為代謝指紋研究方法的一部分。像尿癥那樣的疾病,研究人員正試圖從疾病的生物化學基礎著手,而不是只有檢測生物標記物。他們希望通過代謝組學,可以找到更好的方法去治這些疾病。貴州個性化定制靶向代謝組學服務代謝組學的代謝產(chǎn)物是基因表達的產(chǎn)物。
代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?(1) 血清樣品: 避免反復凍融。血液收集在離心管中靜置30分鐘進行凝血。8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存;單個樣本要求體積為50μL。(2) 尿液樣品:臨床樣本請全部取清晨第1次尿液。尿液直接分裝到離心管中,8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存,-80度凍存;單個樣本要求體積為100μL。(3) 其他樣本收集辦法請咨詢譜領工作人員。
代謝組學比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:多變量分析:多變量分析方法能同時處理數(shù)百或數(shù)千個變量,并且能處理變量之間的相互關系。利用變量之間的協(xié)方差或相關性,使原始數(shù)據(jù)在較低維空間上的投影能盡可能地捕獲數(shù)據(jù)中的信息。但是如果存在大量無信息變量可能會妨礙多變量分析的能力,無信息變量的數(shù)量越多,減少真陽性數(shù)量的效果就越明顯。多變量分析分為無監(jiān)督分析方法和有監(jiān)督分析方法。在代謝組學分析中無監(jiān)督學習有主成分分析只需要數(shù)據(jù)集X,而有監(jiān)督分析方法主要是偏比較小二乘判別分析和正交偏比較小二乘判別分析,這類方法在分析時除了需要數(shù)據(jù)集X,還需對樣品進行指定并分組, 這樣分組后模型將自動加上另外一個隱含的數(shù)據(jù)集Y,通常Y的賦值用-1/1或者0/1表示類別信息。代謝組學先進分析檢測技術結合模式識別和**系統(tǒng)等計算分析方法是代謝組學研究的基本方法。
代謝組學介紹:通過液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)方法檢測生物體受外界刺激前后體內(nèi)大多數(shù)小分子代謝物的動態(tài)變化,重點尋找在實驗組和對照組中有明顯變化的代謝物,進而研究這些代謝物與生理病理變化的相關關系,其研究對象大多是分子量1500Da以內(nèi)的小分子物質(zhì)。技術優(yōu)勢:較高的靈敏度、分辨率;較寬的動態(tài)范圍;適合對標本中未知代謝物的探索研究;適合于生物樣本中復雜代謝產(chǎn)物的檢測和潛在標志物的鑒定。代謝組學應用方向: 土壤代謝組學。研究土壤中有機質(zhì)及土壤微生物代謝含量變化及相互作用,了解土壤微生物多樣性及其碳代謝能力,為探索調(diào)節(jié)、控制和改善土壤環(huán)境質(zhì)量提供重要的參考。代謝組學的代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目。哈爾濱農(nóng)學靶向代謝組學分析研究
相比于其他組學,代謝組學有哪些特殊的優(yōu)勢?貴州個性化定制靶向代謝組學服務
代謝組學需要多少的生物學重復?生物學重復指的是相同處理的相同類型的生物樣本的數(shù)量(如相同劑量給藥后2小時的小鼠采集并且相同儲存條件和處理方法血清樣本)。相較于基因和蛋白,代謝物處于生命活動的下游,收到環(huán)境和遺傳背景等因素影響較大,生物學重復少可能會放大組內(nèi)差異對于整體差異的影響,進而影響結果(如準確和足夠多的找出生物標志物)。因此根據(jù)不同的生物類型,需要不同的生物學重復來增加數(shù)據(jù)的可靠性和說服力。代謝組學的研究方法與蛋白質(zhì)組學的方法類似。貴州個性化定制靶向代謝組學服務
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