山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實用價值嗎?二者實用價值非常大，尤其是對有瘤的患者的醫(yī)治，簡直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價值。例如研究某個基因功能的時候，可以構(gòu)建該基因的敲除或者過表達生物，然后對比野生型進行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達網(wǎng)絡(luò)。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大，例如在有的瘤病人中進行基因組學(xué)測序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動基因，然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動基因研究靶向藥物，從而推動瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治！轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需預(yù)先設(shè)計特異性探針。山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴重影響測序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾，影響測序結(jié)果的準(zhǔn)確性；同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實驗前需要對樣本進行均一化處理，否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列。山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序？

轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達量，進而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測序成本的下降，RNA-seq的運用愈來愈普遍。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻報道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況？

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細胞轉(zhuǎn)運，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細胞內(nèi)酶，進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達，可以提高瘤對藥物的敏感性，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

全轉(zhuǎn)錄組測序為什么需要構(gòu)建兩個文庫？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

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