蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時(shí)其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時(shí)，通常需要將被檢測蛋白質(zhì)消化成3-9kDa范圍內(nèi)的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀器的進(jìn)步和保留了組蛋白尾部的組合修飾，自中而下分析法正逐漸受到歡迎。自中而下更接近于自下而上法的靈敏度。自上而下：自上而下技術(shù)可以直接對完整的蛋白質(zhì)進(jìn)行測序，包括翻譯后修飾的蛋白質(zhì)和其他大的蛋白質(zhì)片段，而不只是肽段。這可以比較大程度地保留與PTMs相關(guān)的信息，使其適用于組蛋白的全方面表征和分析。自上而下技術(shù)對蛋白質(zhì)的有效分辨率已達(dá)到229kDa，一次可以檢測到的蛋白質(zhì)數(shù)量也在增加。泛素化修飾還可以直接影響蛋白質(zhì)的活性和定位。蛋白質(zhì)糖基化修飾組學(xué)主要技術(shù)
質(zhì)譜分析蛋白翻譯后修飾：相對于蛋白質(zhì)印跡等技術(shù)，質(zhì)譜技術(shù)能更有效的對蛋白質(zhì)的翻譯后修飾進(jìn)行分析，且可以對常規(guī)的Western blot 翻譯后修飾蛋白鑒定進(jìn)行補(bǔ)充。質(zhì)譜分析蛋白翻譯后修飾一般使用自下而上的基于肽段的方法。但是自下而上的質(zhì)譜方法無法保證可以完全識別目的蛋白的特定翻譯后修飾，因?yàn)橘|(zhì)譜是通過蛋白質(zhì)序列內(nèi)的多個(gè)肽段來鑒定的，這很大程度上降低了翻譯后修飾肽段被識別的機(jī)會。一種提高質(zhì)譜儀檢測到修飾肽段數(shù)量的策略是使用PTM親和試劑進(jìn)行肽段富集，而不是使用PTM親和試劑進(jìn)行蛋白富集，這將減少富集的未修飾肽段的數(shù)量。北京棕櫚?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)方法蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)磷酸化修飾具有靈活的特性。
蛋白質(zhì)翻譯后修飾有什么生物學(xué)意義？可以使蛋白質(zhì)具有生物活性，可以發(fā)揮相應(yīng)的功能。翻譯是蛋白質(zhì)生物合成（基因表達(dá)中的一部分，基因表達(dá)還包括轉(zhuǎn)錄）過程中的第二步（轉(zhuǎn)錄為第1步），翻譯是根據(jù)遺傳密碼的中心法則，將成熟的信使RNA分子（由DNA通過轉(zhuǎn)錄而生成）中“堿基的排列順序”（核苷酸序列）解碼，并生成對應(yīng)的特定氨基酸序列的過程。但也有許多轉(zhuǎn)錄生成的RNA，如轉(zhuǎn)運(yùn)RNA（tRNA）、核糖體RNA（rRNA）和小核RNA（snRNA）等并不被翻譯為氨基酸序列。
蛋白質(zhì)翻譯后修飾在蛋白質(zhì)中磷酸化位點(diǎn)分析時(shí)應(yīng)該注意些什么問題？覆蓋率：覆蓋率越高，檢測和鑒定含有修飾基團(tuán)的肽幾率就越大。修飾位點(diǎn)的占有率：被修飾的蛋白質(zhì)的百分比低，則檢測到修飾肽的機(jī)會會隨之減少。如果百分比較高（> 30％），則有助于識別修飾位點(diǎn)。棕櫚酰化蛋白修飾質(zhì)譜鑒定方法：S-棕櫚?；闹饕δ苁谴龠M(jìn)蛋白質(zhì)與細(xì)胞膜的結(jié)合。蛋白質(zhì)可以由一個(gè)棕櫚?；M成，也可以與更多棕櫚基或與其他脂質(zhì)，如豆蔻?；?。由于對S-棕櫚?；鞍追治鋈匀痪哂刑魬?zhàn)性，由于S-棕櫚?；揎椀鞍讈喫揭约笆杷院蜐撛诓环€(wěn)定的硫代質(zhì)鏈的S-脂?；摹，F(xiàn)在常用的幾種方法可以捕獲S-脂酰化蛋白以及對目標(biāo)修飾蛋白進(jìn)行捕獲。蛋白質(zhì)的翻譯后修飾調(diào)控著底物的酶活性、功能以及三級結(jié)構(gòu)的變化。
蛋白質(zhì)乙?；揎楄b定流程：1. 組織/細(xì)胞破碎，提取、提純目的蛋白質(zhì)。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 使用高效特異性乙?；贵w對乙?；揎楇亩芜M(jìn)行免疫富集。4. 使用LC-MS/MS對富集的乙?；亩芜M(jìn)行鑒定分析。5. 數(shù)據(jù)分析，并對鑒定的乙?；稽c(diǎn)的生物學(xué)功能進(jìn)行解釋預(yù)測。隨著蛋白質(zhì)組研究的發(fā)展，我們越來越深刻地意識到，對于生物體生命活動的管理和調(diào)控過程，密切相關(guān)的不只是單個(gè)蛋白質(zhì)層面的修飾狀態(tài)，更重要的是研究蛋白質(zhì)組學(xué)水平研究在翻譯后修飾的動態(tài)變化。高質(zhì)、高效的蛋白質(zhì)翻譯后修飾富集技術(shù)和豐富的、準(zhǔn)確的定量手段使得研究蛋白質(zhì)水平的翻譯后修飾組學(xué)成為現(xiàn)實(shí)，借助這些組學(xué)研究手段能夠?qū)崿F(xiàn)不同生理病理狀態(tài)下生物樣本在翻譯后修飾水平上的定量比較，深入地揭示翻譯后修飾水平的波動與生物生命活動的密切聯(lián)系。蛋白質(zhì)修飾可檢測修飾類型有磷酸化、糖基化、乙?；?、泛素化、丙?；⒍□；⒈；５鞍踪|(zhì)丙二?；揎椊M學(xué)研究
蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的定位。蛋白質(zhì)糖基化修飾組學(xué)主要技術(shù)
蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)：翻譯后修飾自下而上分析策略：自下而上蛋白質(zhì)組學(xué)是一種基于肽段分析的技術(shù)。對于不同類型的翻譯后修飾，具體的分析策略存在差異。蛋白質(zhì)的糖基化具有異質(zhì)性。不同的糖鏈可以連接到同一位點(diǎn)上，不同位點(diǎn)可以連接到同一蛋白質(zhì)上的不同糖鏈上。糖基化的異質(zhì)性嚴(yán)重阻礙了糖蛋白的分離和分析。不同糖類型的相同蛋白質(zhì)，在電泳上會出現(xiàn)分散的條帶，導(dǎo)致信號分散。此外，對低豐度蛋白質(zhì)的識別性差導(dǎo)致糖蛋白在色譜圖中分離不佳，質(zhì)譜中有一簇分子量不準(zhǔn)確的分辨不清的峰。目前，蛋白糖基化研究的主要策略是利用現(xiàn)有的技術(shù)體系對糖基化蛋白的糖基化肽段進(jìn)行分離和富集，消除糖基化的異質(zhì)性及其對質(zhì)譜的影響，標(biāo)記糖基化位點(diǎn)。蛋白質(zhì)糖基化修飾組學(xué)主要技術(shù)
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