RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學：也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序（wts）。RNA-seq包含三個步驟：測序文庫的建立，在特定平臺中測序和生物信息學分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之，就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對基因組測序和分析研究的同時，復雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息，精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進一步解析復雜的轉(zhuǎn)錄組信息。轉(zhuǎn)錄組學可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準確度。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關(guān)系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊毎禺?，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉(zhuǎn)錄學組測序無需預先針對已知序列設(shè)計探針。
轉(zhuǎn)錄組學測序流程：1、樣品RNA準備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達基因；3、不同的外界條件處理，如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對基因表達的影響；4、同一個體，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。
轉(zhuǎn)錄組學（Transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強的時間和空間特性，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點，掌握了生物個體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化，可深入了解其生命活動特征和調(diào)控機制。通過新一代高通量測序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。
RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉(zhuǎn)錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達水平的變化，針對關(guān)鍵基因則可以進行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍。山東SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學方法
轉(zhuǎn)錄學組測序能夠提供更準確的數(shù)字化信號。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉(zhuǎn)錄組測序無需預先針對已知序列設(shè)計探針，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測，提供更準確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的強大工具?；诟咄繙y序平臺的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進行基因表達水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)
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