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代謝組學什么類型的樣本更適合,樣本采集需要注意什么?絕大多數(shù)可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學研究。常見的樣本主要有:臨床和動物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液;細胞和微生物、培養(yǎng)液和發(fā)酵液;植物的根、莖、葉、花等。代謝每時每刻都在發(fā)生變化,我們需要研究的是某個或多個瞬時狀態(tài),因此樣本采集一般需要保證“快速、一致、簡單”的,采集后通過低溫淬滅(如液氮淬滅或低溫凍存等)的方法阻止離體后的樣本的代謝活動。另外,不同的檢測要求也需要配合不同的收集方法,具體步驟請參照譜領(lǐng)生物樣本收集步驟文件。代謝組學作為系統(tǒng)生物學的一個重要的分支,與其他組學相比有著其特有的優(yōu)勢。廣東個性化定制靶向代謝組學質(zhì)譜分析
代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?根據(jù)不同的檢測要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規(guī)的方法和單個樣本量如下:(1) 微生物和細胞樣本:細胞迅速猝滅細胞并冷凍保存;單個樣本細胞數(shù)量要求10^6。(2) 動物體液(如尿、血、組織、唾液):采樣后要迅速預處理,如加入抗凝血劑、防腐劑,并立即冷凍處理(-80 ℃);單個樣本要求體積為10μL。(3) 植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉(zhuǎn)入-80℃保存,單個樣本要求質(zhì)量為50mg。杭州代謝組學定性分析代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000)。
代謝組學發(fā)展前景:代謝組學是繼基因組學、蛋白質(zhì)組學、轉(zhuǎn)錄組學后出現(xiàn)的新興“組學”,每年發(fā)表的代謝組學研究的文章數(shù)量都在不斷增加。代謝組學的發(fā)展很迅速,盡管還沒有經(jīng)典論文出現(xiàn),但是研究人員相信,與基因組學和蛋白質(zhì)組學相比,代謝組學將在臨床上發(fā)揮更大的作用。許多公司通過市場研究發(fā)現(xiàn),健康人并不希望進行基因型分析,所以,對于這些人群來說,基因組學研究在臨床上的應用很有限。而代謝組學與臨床化學較為相似,且相對于基因組學來說,提供的個人信息更少,故其在臨床上的應用有可能產(chǎn)生一定的影響。
代謝組學的研究分為靶向和非靶向。通俗說就是你有沒有目標分子。傳統(tǒng)代謝組學研究利用的是GC-MS,因為代謝物大多數(shù)都不是高沸點的,而且GC-MS有龐大的數(shù)據(jù)庫檢索。然后發(fā)展的LC-MS差不多,就是克服了一些高沸點物質(zhì)難以檢測的弊端。NMR用于代謝組學不是很多,一方面是NMR這個東西入行起點有點高,另一方面是樣品太復雜而且靈敏度不高。但是NMR樣品處理簡單,無損。不需要各種衍生化。而且NMR對于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的指認要比MS更精確(比如異構(gòu)體)因此對定性非常有用,成為非靶向代謝組學的重要方法。代謝組學 (metabolomics)的出現(xiàn)是生命科學研究的必然。
代謝組學如何控制臨床樣本的質(zhì)量?對于臨床的樣本建議每組比較低的25個生物學重復,達到30例以上比較好。因為臨床樣本受外界環(huán)境和遺傳背景影響較大,需要很多生物學重復來消除這些外在影響。此外,在樣本收集過程中,應保持收養(yǎng)的時間段和操作程序盡可能一致。代謝組學樣本收集取樣基本原則:表示性和一致性:驗組與對照組樣本在取材部位、時間處理等方面盡可能保持一致,從而保證實驗的可信度;迅速性:操作過程迅速,很大限度縮短樣本采集到實驗的時間;低溫原則:所有樣本離體后,分離步驟應在4℃或冰上進行,分離好的樣本立即存于-80℃,以免樣本產(chǎn)生進一步代謝活動。代謝組學著重研究的是生物整體、組織代謝途徑及其所受內(nèi)在或者外在因素的影響及隨時間變化的規(guī)律。廣東個性化定制靶向代謝組學質(zhì)譜分析
代謝組學技術(shù)得到了迅速發(fā)展。廣東個性化定制靶向代謝組學質(zhì)譜分析
代謝組學發(fā)展前景:較低的費用,是促使代謝組學在臨床上易于接受的另一個原因。與其他“組學”研究相比,代謝組學的費用更低,研究人員可以通過代謝組學研究篩檢出代謝產(chǎn)物,然后采用更昂貴的基因組學和蛋白質(zhì)組學的方法對有意義的代謝產(chǎn)物進一步加以研究。首先,必須識別出代謝產(chǎn)物,這并不是簡單的工作。代謝組學研究比較大的挑戰(zhàn)就在于對代謝產(chǎn)物的識別,這也是比較有趣的方面,而更具挑戰(zhàn)性的工作,是進一步確認所有代謝物的功能。此外,質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn),代謝產(chǎn)物的同質(zhì)性不高,由于缺乏均勻性,使色譜分析變得更加困難,無法識別出樣品中的未知物質(zhì)。廣東個性化定制靶向代謝組學質(zhì)譜分析
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