轉錄組學研究的方法：轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉錄及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。在早期，由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉錄組學研究者只能進行極少數(shù)特定基因的結構功能分析和表達研究。近十幾年，分子生物學技術的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉錄組學的研究奠定了基礎。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達序列標簽技術、基因表達系列分析技術、大規(guī)模平行測序技術、RNA測序技術其中。以DNA為模板合成RNA的轉錄過程是基因表達的第一步，也是基因表達調(diào)控的關鍵環(huán)節(jié)。浙江外泌體轉錄組學方法
轉錄組學測序結果的影響因素？RNA的降解嚴重影響測序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機引物反轉錄無法得到全部的cDNA，導致測序結果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾，影響測序結果的準確性；同時由于轉錄組中轉錄本的豐度不一致，實驗前需要對樣本進行均一化處理，否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因，導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。廣東全轉錄學組分析轉錄組學無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。
單細胞RNA-seq轉錄組學工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標準化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜，這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。
RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關系?；蚍诸悾赫业郊毎禺悾膊∠嚓P，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等?；蚓W(wǎng)絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。廣義轉錄組學是一個特定細胞所有轉錄本的總和。
RNA-seq轉錄組學技術優(yōu)勢有：1、可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度;2、靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。RNA-seq轉錄組學是需要生物學重復的，至少需要兩次生物學重復，3次以上的生物學重復更好。以3個重復為例，加上對照的三個生物學重復，一次RNA-seq需要6個樣本。轉錄組廣義上指在某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉錄組產(chǎn)物的組合。全長轉錄學組分析價格
轉錄組學狹義上指所有mRNA的組合。浙江外泌體轉錄組學方法
circRNA轉錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結構和3′poly（A）結構，主要位于細胞質(zhì)或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體（RISC）的催化關鍵，然后導致circRNA降解。根據(jù)來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。浙江外泌體轉錄組學方法