RNA-seq轉錄組學：也被稱為整個轉錄組鳥測序（wts）。RNA-seq包含三個步驟：測序文庫的建立，在特定平臺中測序和生物信息學分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術的新的轉錄分析方法。采用NGS技術對從感興趣的RNA樣本序列反轉錄得到的cDNA進行測序。簡而言之，就是對剪切變體、轉錄后RNA編輯、內含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對基因組測序和分析研究的同時，復雜的轉錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術平臺分析轉錄組的結構和表達水平情況，更能挖掘未知轉錄本和稀有轉錄本信息，精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進一步解析復雜的轉錄組信息。轉錄組學靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。哈爾濱靶向轉錄組學研究內容
宏轉錄學組概念：宏轉錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉錄組信息的一種測序技術的新應用。宏轉錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關系的機制。宏轉錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡上分析組學數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學工具中選擇出適合分析宏轉錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉錄組分析pipline，直接關乎到后期數(shù)據(jù)分析的進行。廣東單細胞轉錄組學應用轉錄組學狹義上指所有mRNA的組合。
RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。RNA-Seq，是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉錄為 cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。
轉錄組學研究的方法：在早期，由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉錄組學研究者只能進行極少數(shù)特定基因的結構功能分析和表達研究。近十幾年，分子生物學技術的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉錄組學的研究奠定了基礎。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達序列標簽技術、基因表達系列分析技術、大規(guī)模平行測序技術、RNA測序技術其中，Microarray和EST技術是較早發(fā)展起來的先驅技術，SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉錄組學研究方法轉錄組學研究有助于了解特定生命過程中相關基因的整體表達情況，進而從轉錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡及其調控機理。轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。
轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉錄組學測序具有以下優(yōu)勢：（1）可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本；（3）可以對任意物種進行全基因組分析，無需預先設計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。（4）檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。濟南靶向轉錄組學分析方法
轉錄組學可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。哈爾濱靶向轉錄組學研究內容
轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。哈爾濱靶向轉錄組學研究內容