轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學功能，如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運，以及介導瘤耐藥的細胞內酶，進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調節(jié)作用。轉錄組學應用領域：農林領域：生長發(fā)育機制，抗逆脅迫機制，育種，物種保護研究等；畜牧業(yè)：生長發(fā)育機制，致病機理研究，肉類及乳制品品質研究等。轉錄組學可應用于炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預。南京宏轉錄學組服務
RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。RNA-Seq，是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉錄為 cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。山東外泌體microRNA轉錄組學研究內容轉錄組廣義上指在某一生理條件下，細胞內所有轉錄組產(chǎn)物的組合。
單細胞RNA-seq轉錄組學工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質量控制(QC)過濾和以不同方式標準化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜，這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。
宏轉錄組學適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農業(yè)等領域。宏轉錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。宏轉錄學組的概念：宏轉錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉錄本）的匯合。通過對這些轉錄本進行大規(guī)模高通量測序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉錄組信息。廣義轉錄組學是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子。
全長轉錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準確定位融合基因。研究思路：由于全長轉錄組測序是基于第三代測序技術，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉錄組，通常來說很難承擔，因此，全長轉錄組測序一般與普通轉錄組測序相結合。宏轉錄組學是什么？宏轉錄組學也稱為環(huán)境轉錄組學，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉錄情況以及轉錄調控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。轉錄組學無需預先設計特異性探針。山東外泌體microRNA轉錄組學研究內容
基于高通量測序平臺的轉錄組學測序技術能夠全方面獲得物種特定組織的轉錄本信息。南京宏轉錄學組服務
RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢：RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡的構建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉錄物，檢測到等位基因的具體表達方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中，一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結合使用，產(chǎn)生更多的生物學上重要的信息。南京宏轉錄學組服務