SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學(xué)問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列。SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）的催化關(guān)鍵，然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性的特點。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾，影響測序結(jié)果的準(zhǔn)確性；同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實驗前需要對樣本進行均一化處理，否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。

單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計的研究設(shè)計而變得復(fù)雜，這些設(shè)計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設(shè)計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?廣東單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號。SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測，提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強大工具?；诟咄繙y序平臺的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進行基因表達水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

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