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代謝組學(xué)疾病診斷應(yīng)用: 代謝組學(xué)研究人員已經(jīng)對(duì)此進(jìn)行了研究。新生兒是否缺失酶基因,可以在出生時(shí)就檢測(cè)出來??蓹z測(cè)出包括涉及合成途徑中的基本成分(如氨基酸)的酶。酶缺失的結(jié)果就是相應(yīng)的代謝產(chǎn)物過少或過多。尿癥(PKU)是一種常見的嬰兒疾病。這種疾病是由于缺失將苯丙氨酸水解成酪氨酸所必須的苯丙氨酸水解酶基因,導(dǎo)致血液中苯丙氨酸累積造成的。若是不能及時(shí)檢測(cè)出這種天生的代謝缺乏,在嬰兒出生后九個(gè)月內(nèi),就會(huì)引起無法挽救的大腦損傷。這種疾病通過簡(jiǎn)單的血樣和尿素化驗(yàn)就可以確診。而血樣和尿素化驗(yàn)以后也將成為代謝指紋研究方法的一部分。像尿癥那樣的疾病,研究人員正試圖從疾病的生物化學(xué)基礎(chǔ)著手,而不是只有檢測(cè)生物標(biāo)記物。他們希望通過代謝組學(xué),可以找到更好的方法去治這些疾病。代謝組學(xué)是系統(tǒng)生物學(xué)的組成部分。河南常規(guī)靶向代謝組學(xué)研究?jī)?nèi)容
GC-MS非靶向代謝組學(xué)能檢測(cè)到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測(cè)分析范圍。GC/MS能檢測(cè)到有機(jī)酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準(zhǔn)確度?GC/MS的定性有雙重標(biāo)準(zhǔn),一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強(qiáng)且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進(jìn)一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實(shí)際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(如NIST庫)進(jìn)行比對(duì)后,我們將會(huì)得到一個(gè)叫相似度的指標(biāo)。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會(huì)給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜信息進(jìn)行完全比對(duì)定性,也就是說只有經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)品比對(duì),代謝物才是被100%定性。河南常規(guī)靶向代謝組學(xué)研究?jī)?nèi)容代謝組學(xué)主要研究的是產(chǎn)物的小分子代謝物(MW<1000)。
代謝組學(xué)比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:代謝組學(xué)分析數(shù)據(jù)用于統(tǒng)計(jì)分析時(shí),數(shù)據(jù)集通常為一個(gè)N × K的矩陣(X矩陣),N表示N個(gè)樣本數(shù),每一行表示一個(gè)樣品, K表示K個(gè)變量,每一列表示一個(gè)變量,在代謝組學(xué)中變量通常是指代謝物含量。單變量分析方法只分別分析單個(gè)變量,不考慮多個(gè)變量的相互作用與內(nèi)在聯(lián)系。具有簡(jiǎn)單性、易應(yīng)用性和可解釋性。但是無法基于整體數(shù)據(jù)對(duì)所測(cè)樣品的優(yōu)劣、差異進(jìn)行綜合評(píng)價(jià)和分析。差異倍數(shù)變化大小(Fold Change,F(xiàn)C)表示實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組的含量比值,可以快速考察各個(gè)代謝物在不同組別之間的含量變化大小。
代謝組學(xué)需要多少的生物學(xué)重復(fù)?生物學(xué)重復(fù)指的是相同處理的相同類型的生物樣本的數(shù)量(如相同劑量給藥后2小時(shí)的小鼠采集并且相同儲(chǔ)存條件和處理方法血清樣本)。相較于基因和蛋白,代謝物處于生命活動(dòng)的下游,收到環(huán)境和遺傳背景等因素影響較大,生物學(xué)重復(fù)少可能會(huì)放大組內(nèi)差異對(duì)于整體差異的影響,進(jìn)而影響結(jié)果(如準(zhǔn)確和足夠多的找出生物標(biāo)志物)。因此根據(jù)不同的生物類型,需要不同的生物學(xué)重復(fù)來增加數(shù)據(jù)的可靠性和說服力。代謝組學(xué)的研究方法與蛋白質(zhì)組學(xué)的方法類似。代謝組學(xué)是要涉及研究每一個(gè)代謝組分的共性、特性和規(guī)律。
代謝組學(xué)樣品收集方法及所需樣本量是什么?根據(jù)不同的檢測(cè)要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規(guī)的方法和單個(gè)樣本量如下:(1) 微生物和細(xì)胞樣本:細(xì)胞迅速猝滅細(xì)胞并冷凍保存;單個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量要求10^6。(2) 動(dòng)物體液(如尿、血、組織、唾液):采樣后要迅速預(yù)處理,如加入抗凝血?jiǎng)?、防腐劑,并立即冷凍處理?80 ℃);單個(gè)樣本要求體積為10μL。(3) 植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉(zhuǎn)入-80℃保存,單個(gè)樣本要求質(zhì)量為50mg。代謝組學(xué)有哪些特點(diǎn)?河南常規(guī)靶向代謝組學(xué)研究?jī)?nèi)容
代謝組學(xué)主要研究的是各種代謝路徑的底物。河南常規(guī)靶向代謝組學(xué)研究?jī)?nèi)容
代謝組學(xué)發(fā)展前景:較低的費(fèi)用,是促使代謝組學(xué)在臨床上易于接受的另一個(gè)原因。與其他“組學(xué)”研究相比,代謝組學(xué)的費(fèi)用更低,研究人員可以通過代謝組學(xué)研究篩檢出代謝產(chǎn)物,然后采用更昂貴的基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的方法對(duì)有意義的代謝產(chǎn)物進(jìn)一步加以研究。首先,必須識(shí)別出代謝產(chǎn)物,這并不是簡(jiǎn)單的工作。代謝組學(xué)研究比較大的挑戰(zhàn)就在于對(duì)代謝產(chǎn)物的識(shí)別,這也是比較有趣的方面,而更具挑戰(zhàn)性的工作,是進(jìn)一步確認(rèn)所有代謝物的功能。此外,質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn),代謝產(chǎn)物的同質(zhì)性不高,由于缺乏均勻性,使色譜分析變得更加困難,無法識(shí)別出樣品中的未知物質(zhì)。河南常規(guī)靶向代謝組學(xué)研究?jī)?nèi)容
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