山東乙酰化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-02-22

蛋白質(zhì)乙?;揎椊M學(xué)定量分析:1. SILAC細(xì)胞標(biāo)記,組織/細(xì)胞破碎,提取、提純目的蛋白質(zhì)(基于SILAC的乙?;揎椊M學(xué)定量)。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 對多肽片段進(jìn)行iTRAQ標(biāo)記(基于iTRAQ的乙酰化修飾組學(xué)定量)。4. 使用高效特異性乙酰化抗體對乙?;揎楇亩芜M(jìn)行免疫富集。5. 使用LC-MS/MS對富集的乙?;亩芜M(jìn)行序列分析。6. 數(shù)據(jù)分析,比對不同樣本中蛋白乙?;揎椝讲町悾Ξa(chǎn)生變化的生物學(xué)意義進(jìn)行解釋。蛋白磷酸化修飾過程是通過蛋白激酶催化,將磷酸基團(tuán)從ATP轉(zhuǎn)移到多肽底物的絲氨酸、或酪氨酸殘基上。山東乙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)分析方法

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略:自中而下:自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法,分析組蛋白時(shí)其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時(shí),通常需要將被檢測蛋白質(zhì)消化成3-9kDa范圍內(nèi)的肽段,因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是,由于儀器的進(jìn)步和保留了組蛋白尾部的組合修飾,自中而下分析法正逐漸受到歡迎。自中而下更接近于自下而上法的靈敏度。自上而下:自上而下技術(shù)可以直接對完整的蛋白質(zhì)進(jìn)行測序,包括翻譯后修飾的蛋白質(zhì)和其他大的蛋白質(zhì)片段,而不只是肽段。這可以比較大程度地保留與PTMs相關(guān)的信息,使其適用于組蛋白的全方面表征和分析。自上而下技術(shù)對蛋白質(zhì)的有效分辨率已達(dá)到229kDa,一次可以檢測到的蛋白質(zhì)數(shù)量也在增加。磷酸化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)類型常見的蛋白質(zhì)翻譯后修飾包括乙酰化。

蛋白質(zhì)翻譯后修飾:蛋白質(zhì)的翻譯后修飾通過可逆的共價(jià)鍵將小分子或蛋白質(zhì)與底物蛋白質(zhì)上特定的氨基酸結(jié)合,調(diào)控著底物的酶活性、功能以及三級結(jié)構(gòu)的變化。各種蛋白質(zhì)翻譯后修飾在信號通路和網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮著重要的作用,翻譯后修飾系統(tǒng)的紊亂將導(dǎo)致一系列疾病的發(fā)生。通過實(shí)驗(yàn)的方法鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾的位點(diǎn)需要耗費(fèi)大量的資金和時(shí)間,并且酶反應(yīng)的優(yōu)化常常難以實(shí)現(xiàn)。而計(jì)算的方法則能夠快速、準(zhǔn)確的預(yù)測酶特異性的底物蛋白質(zhì)及其修飾位點(diǎn)。

蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué):蛋白質(zhì)的磷酸化修飾是生物體內(nèi)重要的共價(jià)修飾方式之一。磷酸化修飾本身所具有的簡單、靈活、可逆的特性,以及磷酸基團(tuán)的供體ATP的易得性,使得磷酸化修飾被真核細(xì)胞所選擇接受成為一種比較普遍的調(diào)控手段。蛋白質(zhì)的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程,幾乎調(diào)節(jié)著包括細(xì)胞的增殖、發(fā)育、分化、細(xì)胞骨架調(diào)控、細(xì)胞凋亡、神經(jīng)活動、肌肉收縮、新陳代謝發(fā)生等生命活動的所有過程,并且可逆的蛋白質(zhì)磷酸化是目前所知道的比較主要的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)方式。目前已經(jīng)知道有許多人類疾病是由于異常的磷酸化修飾所引起,而有些磷酸化修飾卻是某種疾病所導(dǎo)致的后果。蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)磷酸化修飾具有靈活的特性。

翻譯后修飾蛋白組:翻譯后修飾蛋白組分析是指在組學(xué)水平上對存在翻譯后修飾的蛋白質(zhì)進(jìn)行分析。翻譯后修飾蛋白組是指細(xì)胞或組織等整體水平上的翻譯后修飾蛋白。蛋白質(zhì)的翻譯后修飾(Post Translational Modifications, PTMs)是蛋白質(zhì)在翻譯中或翻譯后經(jīng)歷的一個(gè)共價(jià)加工過程。蛋白翻譯后修飾通過在一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基上加修飾基團(tuán)或通過蛋白質(zhì)水解去基團(tuán)而改變蛋白質(zhì)的性質(zhì),調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的功能。經(jīng)過翻譯后修飾的蛋白質(zhì)稱為翻譯后修飾蛋白。目前,已知的蛋白質(zhì)翻譯后修飾主要包括糖基化、磷酸化、乙?;⒎核鼗?、二硫鍵配對、甲基化和亞硝基化等等。蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法有免疫印跡技術(shù)。深圳蛋白質(zhì)亞硝基化修飾組學(xué)

蛋白質(zhì)磷酸化修飾的免疫印跡技術(shù)優(yōu)點(diǎn):檢測特異性高。山東乙酰化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法

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