但目前來(lái)看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問(wèn)題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對(duì)大部分小本經(jīng)營(yíng)的養(yǎng)殖戶（單位）來(lái)說(shuō)是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問(wèn)題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。
養(yǎng)殖三分靠技術(shù)，七分靠管理，技術(shù)手段代替不了管理，只能使管理更加的量化和程序化，降低了人為的不利因素，但同樣也對(duì)管理提出了新的要求。因此與其說(shuō)是在談投資新的技術(shù)手段，不如說(shuō)投資的是新的生產(chǎn)和管理理念。所以不要糾結(jié)在養(yǎng)殖系統(tǒng)上面，而要更關(guān)注管理。循環(huán)水養(yǎng)殖失敗的案例也有很多。魚的成活率太低或者全軍覆沒(méi)，只有不到10%是系統(tǒng)本身的原因，其余90%以上全都是管理不當(dāng)和操作失誤造成的，歸根到底還是人的問(wèn)題。
主要目的是存水，以期在枯水期能有足夠的水源進(jìn)行養(yǎng)殖而已。這種方式?jīng)]有考慮水體的循環(huán)利用，而純粹出于延長(zhǎng)養(yǎng)殖周期。在此基礎(chǔ)上，有部分養(yǎng)殖場(chǎng)為了提高生產(chǎn)效率和應(yīng)對(duì)自然條件限制從而開(kāi)始了半循環(huán)養(yǎng)殖方式。生物絮團(tuán)是養(yǎng)殖水體中以好氧微生物為主體的有機(jī)體和無(wú)機(jī)物，經(jīng)生物絮凝形成的團(tuán)聚物，由細(xì)菌、浮游動(dòng)植物、有機(jī)碎屑和一些無(wú)機(jī)物質(zhì)相互絮凝組成。